未来的种业竞争已经不再局限于种子产品竞争，而是扩展为整条农业产业链之间的竞争。对264家合并企业的调查表明，并购后公司大部分利益的增长并不是来自经营利润的增长而是源于投资费用的大幅度减少。这种成本的降低，主要是由要素配置改变所带来的（Devos，2009）。而纵向整合可以提高该类企业进入的门槛，为其形成垄断地位和提高产品价格提供前提（Shi，2009）。世界种业发展的历程表明，种子企业必须走科研、生产和销售一体化经营之路，我国种业小规模的、分散的区域经营模式必须改变。
由于种子市场属于典型的规模经济领域，市场集中度越高，企业谈判与获益的能力越强，企业发展的空间与潜力也会越大。目前，我国种子企业数量多、规模小、研发能力弱，育种资源和人才不足，使得种业发展状况整体上不容乐观。2013年在行业整体利润增加的同时，销售利润率下滑。2013年全国企业的销售净利润率为9.18%，净资产收益率为7.93%，行业利润率为9.85%，分别比上年下降0.75个、0.85个、1.7个百分点。部分企业主要由于竞争力不足出现亏损，2013年亏损的企业为965家，占23.38%。这些企业共计亏损5.55亿元，平均每个企业亏损57.51万元。
要培育具有核心竞争力和较强国际竞争力的育繁推一体化企业，优化和调整企业布局，鼓励种子公司之间的兼并重组，整合科研、开发、生产和销售实力。支持大型企业，特别是一些具备整合国有农场、各地农科院及其下属种子公司实力的农资大型企业，通过并购、参股等方式进入种业生产。通过企业资助科研、知识产权入股、科研成果转让、资产捆绑重组等多种方式，整合种业科研、生产和经营的多种优势资源。同时，建立吸引风险投资和私募股权投资等社会资本参与生物种业的制度（吕玉平，2013）。妥善处理内外资关系，审慎应对外资合资合作、并购、参股我国种业公司的行为。
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