在2002-03赛季，科比场均可以得到30分并且完成了连续9场比赛拿到40+，整个2月份场均得到40.6分。另外，他还能场均贡献6.9个篮板，5.9次助攻和2.2次抢断，均为生涯新高。科比再一次同时入选NBA最佳阵容和最佳防守阵容的第一阵容，在MVP的票选中排名第三。在常规赛取得50胜32负之后，湖人队在季后赛西部半决赛6场比赛后输给了当年最终的总冠军圣安东尼奥马刺队。
接下来的2003-04赛季，湖人队获得了全明星球员卡尔·马龙（Karl Malone）和加里·佩顿（Gary Payton），再次冲击总冠军。在赛季开始前，科比因为性侵犯指控被捕。这导致了科比因为出庭缺席了一些比赛；或是某天的早些时候出庭，在同一天的晚些时候赶去参加比赛。在常规赛的最后一场比赛，湖人队对阵开拓者队。科比用两次绝杀带领湖人取胜，并赢得了太平洋赛区的冠军。在第四节的最后时刻，科比投中三分球扳平比分，将比赛拖入加时赛。比赛最后进入了第二个加时，科比又投中压哨三分帮助湖人105-104获得了胜利。
拥有四名未来篮球名人堂球员，奥尼尔、马龙、佩顿和布莱恩特，湖人队最终杀入NBA总决赛。在总决赛中，湖人队被底特律活塞队在5场比赛中击败，后者自1990年第一次获得总冠军。总决赛系列赛中，科比场均贡献22.6分，还有4.4次助攻，命中率只有可怜的35.1%。菲尔·杰克逊没有与湖人队续签合同，接替他教练职务的是鲁迪·汤姆贾诺维奇（Rudy Tomjanovich）。奥尼尔被交易至迈阿密热火队，换来了拉玛尔·奥多姆、卡隆·巴特勒（Caron Butler）、布莱恩·格兰特（Brian Grant ）。第二天，科比拒绝了洛杉矶快船队提供的合约，与湖人队续签了一份长达7年价值1亿3640万美元的合同。
从左至右依次是科比 马龙 奥尼尔 佩顿
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