原核微生物伯杰氏分类系统

细菌、放线菌等原核微生物的分类系统很多，目前较有代表性和最有影响的分类系统是美国的《伯杰氏细菌学鉴定手册》（Bergey＇s Manual of Determinative Bacteriology，以下简称《鉴定手册》）。《鉴定手册》自1923年第一版以来，相继于1925，1930，1934，1939，1948和1957年出版了第二版至第七版，几乎每一版均吸取了许多分类学家的经验，其内容不断扩充和修改。《鉴定手册》第七版包括从纲到种、亚种的全面分类大纲和相应的检索表以及各分类单位的描述，将细菌列于植物界原生植物门的第二纲———裂殖菌纲。《鉴定手册》第七版的分类方法基本上处于经典分类法阶段，即以形态特征为主结合生理生化特性为分类依据。第八版（1974年）没有从纲到种的分类系统，而着重于属、种的描述和比较，它也没有分类大纲，而是根据形态、营养型等分成19个部分，把细菌、放线菌、黏细菌、螺旋体、支原体和立克次氏体等2000多种微生物归于原核生物界细菌门。《鉴定手册》第八版的分类方法也有了改进，除采用经典分类法外，还增加了细胞化学、遗传学和分子生物学等方面的新鉴定方法，对某些属、种应用了数值分类法。

1994年，《鉴定手册》第九版出版。该《鉴定手册》根据表型特征把细菌分为四个类别（见表14-2），35群。《鉴定手册》第九版与过去的版本相比较，具有以下特点：① 该书的目的只是为了鉴别那些已被描述和培养的细菌，并不把系统分类和鉴定信息结合起来；② 其内容的编排严格按照表型特征，所选择的排列是实用的，为了有利于细菌的鉴定，并不试图提供一个自然分类系统；③ 手册抽取了《伯杰氏系统细菌学手册》四卷的表型信息，并包括了尽可能多的新的分类单元，其有效发表的截止日期是1991年1月。

表14-2 细菌的高级分类单位

在1984—1989年间，《鉴定手册》的出版者出版了《伯杰氏系统细菌学手册》（Bergey＇s Manual of Systematic Bacteriology，简称《系统细菌学手册》）。该手册与《伯杰氏细菌学鉴定手册》有很大不同，首先是在各级分类单元中广泛采用细胞化学分析、数值分类方法和核酸技术，尤其是16SrRNA寡核苷酸序列分析技术，以阐明细菌的亲缘关系，并对第八版手册的分类作了必要的调整。例如，《系统细菌学手册》根据细胞化学、比较细胞学和16SrRNA寡核苷酸序列分析的研究结果，将原核生物界分为四个门。由于这个手册的内容包括了较多的细菌系统分类资料，定名《伯杰氏系统细菌学手册》，反映了细菌分类从人为的分类体系向自然的分类体系所发生的变化。为使发表的材料及时反映新进展，并考虑使用者的方便，该手册分四卷出版。第一卷（1984年）内容为一般、医学或工业的革兰氏阴性细菌。第二卷（1986年）为放线菌以外的革兰氏阳性细菌。第三卷（1989年）为古细菌和其他的革兰氏阴性细菌。第四卷（1989年）为放线菌。2000年，Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology第二版编辑完成并分成5卷陆续出版。在此第二版中，细菌域分为16门，26组，27纲，62目，163科，814属，收集了4727个种。古菌域分为2门，5组，8纲，11目，17科，63属，收集了208个种。