林耐一生的成就是伟大的，没有林耐便没有近代生物学的说法，一点都不为过。但是林耐大半生的思想观念是属于特创论与形而上学的。他认为生物种是由上帝创造的，并且认为物种一经被创造，就不会再发生改变。他曾写道：“由造物主（Infinitum Ens）创造成的物种数目是始终不变的。”（《植物基础》，157，1736）。他还把自己看成是“亚当第二”，认为是受上帝的委托从事生物分类工作的（Goerke，1989）。诚然，认为上帝创造物种且经久不变的观点是属于唯心论、形而上学的范畴。但是，我们讨论任何事情时都不该脱离开该事情发生的时代与社会历史背景。瑞典从11世纪起便把基督教定为国教，其权威性直到19世纪末才有所松动。林耐是18世纪的人物，在那样的社会背景下，心存特创论、形而上学观念是很自然的事。过去许多书籍脱离开历史唯物主义观点对林耐的世界观进行过严厉的批判，是有失公道的。
在哲学史上，第一个自觉地、公开地同基督教决裂，对基督教进行批判的哲学家是19世纪德国的机械唯物主义者费尔巴哈（L.A.Feuerbach，1804—1872）。我们怎能要求18世纪的自然科学家在唯物主义哲学尚未闪亮登场的一个世纪之前就具有明确的唯物主义思想呢？另外在哲学上，黑格尔（G.W.F.Hegel，1770—1831）是最早提出辩证法思想的人（但应该指出，他的辩证法是隶属于唯心主义范畴的）。黑格尔的把宇宙视为一个运动、变化、发展的有机整体的辩证法思想，集中体现在其巨著《逻辑学》的三卷之中。这三卷是于1812年、1813年、1816年先后问世的，是在林耐《自然体系》出版后的半个世纪之后。马克思（1818—1883）、恩格斯（1820—1895）对机械唯物论和唯心主义辩证法进行批判改造之后所创立的辩证唯物主义哲学则更是后来的事情了。“辩证唯物主义”这个概念最早是在德国哲学家狄慈根（J.Dietzgen，1828—1888）的《一个社会主义者在哲学领域中的漫游》（1886）一书中首次出现的。我们怎能要求生活在18世纪的林耐早于哲学家百年之前就具有唯物主义辩证法的思想呢？林耐受其生活时代的社会意识的灌输与束缚，具有唯心主义、形而上学的思想是完全情有可原的。而且在18世纪自然发生论甚嚣尘上之时，主张物种由其相同的物种繁衍而生且经久不变的见解，对于促进当时的科学发展来说，是有益的，是有进步作用的。
更可贵的是，林耐在经过长期实践之后，终于认识到物种具有变异性。1758年《自然体系》出第10版时，林耐将上面的“由造物主创造成的物种数目是始终不变的”的话删去了，同时也把“没有新的物种（Nullae species novae）”的话删去了。更加了不起的是，林耐对人类的分类！林耐年岁愈大愈发认为物种是可变的。他在1762年出版的Amoenitates Academicae一书中写道：“在我的头脑里充满疑虑已是很久了；我只能认为它是一个假设：就是每个属最初只有一个物种；后来由杂交的方法，分出新种来。这当然是未来的大工作；这当然还需要很多的实验，始能证明这样的假设，证明物种是时间的产儿。”除杂交外，林耐还认识到外界环境的变化亦与新种的产生有关系。与他生活时代的精神相对照，他的世界观在实践中所发生的改变委实是巨大的和很了不起的。
林耐是值得我们生物学工作者永远尊敬的先驱！
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