根据恩格斯的观点，哲学基本问题“即使哲学成为哲学，从而构成哲学起点的问题，这个问题应该贯穿整个哲学史”。[47]该问题就是“思维与存在的关系”问题。它包括相互联系的两个方面，其一是思维和存在何者为“第一性”的问题，这一问题通常被表述为“哲学基本问题的第一方面”，也就是思维和存在谁是本原的问题。其二，思维和存在是否具有“同一性”的问题，这一问题通常被表述为“哲学基本问题的第二方面”，也就是思维能否认识和反映存在的问题。
理解哲学基本问题的含义要注意以下几点：其一，虽然哲学基本问题在哲学发展的相当长的时期并没有明确存在，恩格斯才第一次明确提出并集中论述哲学的基本问题，但这并不影响思维和存在的关系问题在哲学思想发展总的历史进程中的基础和核心地位。恩格斯在论证思维和存在的关系问题时，一直追溯到远古时代人们的灵魂观念，认为灵魂观念就是思维与存在关系的一种反映。从古希腊到中世纪，哲学家们也一直在自觉和不自觉地思考：“什么是本原，是精神，还是自然界？……世界是神创造的呢，还是从来就有的？”[48]显然这正是哲学基本问题在起作用。其二，恩格斯在论证思维和存在的关系问题时，着眼的是哲学整体的历史发展进程，具体到某个特定时期或某个特定地域、或者某个特定的哲学家，思维和存在的关系问题并不一定能够成为重大的基本问题，或者这时候哲学基本问题并不直接表现为思维和存在的关系问题。比如，古希腊时期讨论的一般与个别的关系、中世纪的名实之辩、近代的唯理论和经验论之争等。但这并不能否定思维和存在的关系问题是哲学的基本问题，对上述问题的实质再进一步甄别，就会发现，其实这些问题的根源还在于思维与存在的关系问题。其三，要用历史的观点理解和对待哲学基本问题。既要看到思维和存在的关系问题是哲学中自始至终存在的重大问题，同时也要看到在不同的历史阶段，思维和存在的关系问题会以不同的历史形式表现出来，并且其内容的两个方面在不同的历史阶段，会有不同的侧重点。思维与存在的关系问题也随着哲学的发展不断有新的面貌和新的解释，但其作为哲学基本问题的实质不会改变。其四，对哲学基本问题两方面内容的不同回答，是划分唯物主义和唯心主义、可知论与不可知论的依据。哲学基本问题只是根据不同的回答方式，从最终意义上划分出不同的哲学立场和哲学阵营，这只是代表了对世界的不同解释方式和解释原则，而不能用对错来评判。也不能机械地、简单地根据哲学家的某个观点，就把其归入不同的哲学阵营，而横加指责或片面评价。哲学基本问题的意义在于指出存在不同的哲学立场和阵营，而不是把哲学家对号入座，更不能成为攻击和报复的理由和借口。其五，哲学基本问题是思维和存在的关系问题，而不能理解为“思维和存在”的问题，“这就是说：哲学不是以‘思维’和‘存在’为研究对象，去形成关于‘思维’和‘存在’的某种知识，而是把‘思维和存在的关系’作为‘问题’来研究，考察和追究‘思维和存在的关系’。这种区别的意义是十分重大的。它直接地决定着人们能否以哲学的思维方式去思考哲学，或者说，它直接地决定着人们能否形成哲学的思维方式”。[49]
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