出纳软件在操作过程中，有一些需要特别注意的方面，如保密、授权及内部控制等，以下进行具体说明。
初始设置也称初始化，是使用通用出纳软件的基础，是非常关键的一项。
（1）档案管理员必须认真执行保密法，严格遵守国家规定的保密守则，严守国家机密，保守档案秘密。
（2）会计档案库房有完备的防盗设施，确保机密档案的安全。
（3）借阅档案必须严格执行会计档案查借阅制度，未经领导批准，私人不得擅自提供和利用会计档案。
（4）非档案管理人员不得随便进入会计档案库房，不准在会计档案库房会客，不准私自对档案进行摘抄或拍照，不准私自传播档案内容。
（5）如有会计档案管理人员发生工作变动，严格履行会计档案移交手续，严禁擅自带走档案。
（6）工作中形成的废纸不得乱扔，要统一存放销毁，以免泄密。
（7）对于已经批准需销毁的档案，在指定地点由二人以上监督销毁。
（8）若发生档案丢失或泄密事件，要及时向领导报告，采取补救措施，并查明原因，追究当事人责任。
会计档案资料打印输出的各种凭证、账册、报表，需按有关规定使用、保管。
Easy-going
相比于纸质档案，电子档案更容易被更改，所以电子档建立后，其开启和输出都需要遵守严格的程序。
1．现金记账凭证及日记账的输出及保管
现金收付业务需当日业务当日清。现金记账凭证必须由专职会计人员手工做记账凭证，经审核无误后，在当日由会计人员输进计算机并打印出现金日记账页，审核无误后交给现金出纳核对现金库存，核对相符后由出纳员及负责人在账页上盖章，按月编页码装订成册加盖封印，年终时按顺序将各月现金日记账装订成册，加盖封印妥为保管。
2．银行记账凭证、账册的输出与保管
银行记账凭证有两种，即机制凭证和手编记账凭证。有关财务职员及时将原始凭证或手编凭证审核无误后，当日输进计算机并打印银行日记账，以保证银行出纳的工作当日业务当日清。出纳审核银行账页无误后，出纳和主管会计签字盖章，按日装订成册，年终将各月银行日记账顺序装订成册，并加盖封印，妥为保管。
现金、银行记账凭证可采取汇总的方式，装订成册，妥为保管。
3．转账凭证的输进、输出与保管
转账凭证分两种，即手编凭证和机制凭证，有关会计职员应及时将原始凭证或手工编制的记账凭证审核无误，并输进计算机。机制凭证输进计算机后，要打印输出，并与手编凭证一样，需装订成册，妥为保管。
4．科目汇总表、账簿打印时间
（1）每天，现金、银行日记账打印一次。
（2）每月，银行余额调整表打印一次。
（3）每月，总分类账和各种明细分类账打印一次。
（4）现金、银行存款、转账记账凭证的科目汇总表按本打印，并同该本记账凭证一起装订。
（5）按治理要求和时间不同，会计报表、计算表打印输出后，经有关财会职员审核无误后签字生效。
5．其他
由机器打印输出的档案发生缺损时，必须补充打印，并要求操纵职员在打印输出的账页上签字盖章，财务主管签字盖章认可。
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