根据《中华人民共和国海关对出口加工区监管的暂行办法》（中华人民共和国国务院令第389号）等法律法规，出口加工区作为海关监管的特定区域，国家赋予其在税收、检验检疫、外汇管理、配额许可证件、海关监管等多方面的优惠政策。
在国内税收方面，对区内企业在区内加工和生产的货物，凡属于货物直接出口和销售给区内企业的，免征增值税和消费税。
在进口关税和进口环节税方面，四类产品可以享受免税或者保税优惠政策进境，即区内生产的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设备所需的基建物资；区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物料及消耗性材料；区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品。
在出口关税方面，除了法律另有规定外，区内企业加工的制成品及其在加工生产过程中产生的边角料、余料、残次品、废品等销往境外的，免征出口关税。
在出口退税方面，除了法律另有规定外，从区外进入加工区的货物视同出口，可以享受出口退税。
在检验检疫方面，进、出加工区的应检货物在加工区内接受检验检疫。
在外汇管理方面，区内企业向境外支付或者收取货款，不需办理进出口收付汇核销手续。
在配额许可证方面，区内企业从境外进口货物以及出口货物至境外，除了实行出口被动配额管理外，无需提供进出口配额许可证件。
在海关监管方面，区内企业开展加工贸易业务不实行加工贸易银行保证金台账制度；海关不实行“加工贸易登记手册”管理；区内企业不适用单耗标准管理；实行“一次申报、一次审单、一次查验”的24小时海关通关模式。
涉及的主要政策包括：
●《中华人民共和国海关对出口加工区监管的暂行办法》（中华人民共和国国务院令第389号）
●《出口加工区加工贸易管理暂行办法》（商务部2005年第27号）
●《出口加工区税收管理暂行办法》（国税发2000年第155号）
●《出口加工区外汇管理暂行办法》（汇发2000年第116号）
●《出口加工区检验检疫管理暂行办法》（国检发2001年第63号）
●《中华人民共和国海关对出口加工区货物出区深加工结转管理办法》（海关总署令第126号）
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