医院的学科群即多学科合作团队的合作模式，一般可分为松散型、紧密型和实体型。
（一）松散型模式
在多学科合作团队建设初期，其合作模式多半是松散型的。这样的模式不需要特殊的人事调整和行政干预，合作各方保留了独立运行的权利，相互干扰最少，只是在需要会诊和联合诊治病人时，或合作进行课题研究时才一起工作。这种模式对合作各方的约束少，一般不进行或进行十分有限的资源整合，学科群的效果也相对较差。松散型模式由于对各方的利益影响不大或利益关系是暂时的，虽然形成合作关系较快，但由于约束力小，相当一部分在合作一段时间后就因各种原因而形同虚设或不了了之，只有少数会持续下去或发展成为更紧密的模式。
（二）紧密型模式
紧密型的学科群一般是建立在合作各方有长期固定的合作项目和合作需要的基础上，各方在利益上和学科发展上有更强烈的需要和互补性，或在医院的支持和协调下进行了一定程度的资源整合和适当的行政干预而形成的稳定的联合体，联合工作成为合作各方的日常行为。松散型的学科群在实践过程中也会有一部分由于各方利益得到了很好的满足，合作成效显著，合作形式日渐紧密，最后自然形成紧密型的合作。紧密型的合作模式由于彼此需要，资源利用率和工作效率较高，且符合合作各方的利益，会合作得更长久。
（三）实体型模式
实体型模式是指由某种行政机构（如政府或医院）将几个相关的学科或专科组合成一个既有人员编制，又配备了业务用房和设备、器材，实行独立的内部成本核算的业务工作单元或实体。一般说来，这种以实体形式存在的学科群往往是从紧密型模式演变而来。医院也可能根据自身发展的需要，直接组建一些必须有多学科合作才能实现良性发展的实体型新兴学科群，如移植医学中心、干细胞治疗中心、基因诊断中心和肿瘤治疗中心等等。不论是由实体型模式演变而来还是由医院行政权力组建而成，实体型模式在这三类模式中是最稳固和资源利用效率最高的学科群形式。实际上，这种形式就是新生学科的雏形，它意味着由学科群派生出了一个新兴的交叉学科或专科，代表了临床医学发展的新分支和新方向。
这些学科群按其合作方式可分为以下三类。
（一）按照疾病的诊疗链条建立学科群
这是最常见的一类，即以器官、系统、某种重要疾病或某一类需要多科合作诊治的常见病和多发病为核心，组建各种诊疗中心。如：呼吸道变应性疾病诊疗中心、消化道肿瘤诊疗中心、头颈肿瘤诊疗中心、神经病学诊疗中心、糖尿病诊疗中心、心脏病诊疗中心等等。这些诊疗中心打破了内、外科的界限，打破了成人与儿童的界限，有些还打破了中医和西医的界限，利用一切可以利用的先进技术，集中多学科专家的智慧，为病人选择一个最佳的诊断路径和治疗方案，使诊疗效果在现有技术的基础上达到最佳。
（二）按照学科类同性和互补性建立学科群
如放射医学、超声医学和核医学联合组建的影像医学学科群；病理学、免疫学、分子生物学和细胞生物学联合组建的病理形态学学科群；放射医学、核医学、分子生物学、免疫学和结构生物学等学科组建的分子影像学学科群等。
（三）将有同类技术基础的学科组成学科群
最典型的是器官移植中心，其核心技术基本上是类似的，如配型、器官摘除和吻合、抗排异反应、药物毒副作用检测等等。于是，不少医院将原分属于普外科、泌尿外科、心胸外科等专科的肝、肾、心肺移植和其他脏器移植技术团队组合到一起，加上临床药学、肾内科、免疫学实验室等专业人员共同组建器官移植中心，起到了很好的资源整合作用，移植效果明显提高。
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