三、平均非父排除率
随着遗传标记在亲权鉴定中的广泛应用，基于某些基因座基因型资料有效地计算出排除某男子是孩子生物学父亲的概率变得可行。WIENER等提出了平均非父排除率的概念（average exclusion probability，或power of exclusion，PE），即在已有基因分型证据的基础上，将被控为孩子生物学父亲的随机男人排除掉的概率。已有的基因分型证据可包含多种情况，如知道父、母、子的基因分型，或只有父或母一方和孩子的基因型等。
（一）双亲案时的非父排除率
对于一个具有多个共显性等位基因的常染色体基因座。假定共有n个等位基因（n＞2），分别为A1，A2，…，An，其等位基因频率分别为
。假如我们知道孩子和母亲的基因型信息，分别为GC和GM，则平均非父排除率PE就相当于给定GC和GM，排除随机男子的条件概率P（排除随机男子|Gc，Gm）与出现GC和GM的概率的乘积，如下式所示：
PE=P（排除随机男子|Gc，Gm）×P（Gc，Gm）
=P（排除随机男子|Gc，Gm）×P（Gc|Gm）×P（Gm）
例如，我们知道母亲的基因型为A1A2，其概率为2p1p2。孩子的基因型为A1A1，在给定母亲基因型下的条件概率为p1。所有不含有等位基因A1的男子均要被排除，其概率为（1－p1）2。因此在这种基因型组合下的排除率为：
通过计算各种不同母子对基因型组合的排除率，将其求和后可以得到母子对的平均非父排除率PE的计算公式。
将其简化后可得到另一条等价的公式
（二）单亲案时的非父排除率
在单亲案时，我们只得知父亲或母亲一方基因型和孩子的基因型信息，则单基因座的排除概率PE为：
（三）多基因座的累积非父排除率
以上是针对单一基因座PE的计算方法，当我们检验了多个STR基因座时，需要计算多个基因座的总排除概率。假定共检验了n个STR基因座，且第i个基因座的PE值为PEi，则总排除概率为：
（四）亲权鉴定报告中要有两个指标
PE与PI是一对相互对应的指标，我们可以通过PI估计接受争议父为孩子生物学父亲的概率，而PE值则可以显示本检测体系排除随机男子为孩子生物学父亲的能力。因此，在亲权鉴定报告中，一般都要同时报告这2个指标，以便对检验结果进行综合判断。
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