（一）科研经费建账
接到科研经费到账通知或需进行科研经费转拨的课题负责人，首先到科研部办理经费登记手续。持医院经费登记单到财务部办理科研经费的建账（上账或转账）和分类提取手续，并启动该经费的使用。
（二）科研经费分类提取及使用管理
根据科技项目类别的不同，其经费实行分类别管理，按不同标准进行经费提成。
1．院拨科研经费的提取和使用管理院拨科研经费包括，科技运行基金、科研基地建设基金、学科建设基金、院士培育基金、人才培育基金、博士后启动基金、科技创新基金、SCI论文基金、专利扶持基金、科技奖励基金。院拨科研经费不进行经费提成。其项目经费使用管理按医院科研部下发的管理办法执行。
2．纵向科研经费的提取和使用管理纵向科研经费包括，政府主管部门批准的科室建设项目和科研课题研究项目经费、国际、国内基金组织批准的科研课题研究经费、纵向科研项目的转拨经费等。在学校建账的纵向科研经费按学校纵向科研经费管理办法执行，在医院建账的纵向科研经费按医院科研经费管理办法执行。
3．横向科研经费的提取和使用管理 横向科研经费包括，企业集团委托的科技研发项目经费、院外科研课题转拨获得的科研协作经费、各类对外科技业服务获得的经费、药品和器械临床试验的项目经费。横向科研经费的提成和使用管理按医院科研经费管理办法执行。
4．成果转让经费的提取和使用原则 由学校转让且转让经费到学校财务的科技成果项目，其转让经费分配比例按学校经费管理办法执行；由医院转让且转让经费到医院财务的科技成果项目，其转让经费分配比例按医院经费管理办法执行，分别体现学校／医院的建设管理投入以及课题组人员的贡献。
5．课题节余经费的提取和使用管理 科研课题负责人应在课题执行期截止后6个月内，到科研部、财务部办理课题结题手续。逾期未能办理的课题，财务部将冻结经费账号、停止经费使用；经费账号冻结后6个月内仍未办理手续者，财务部将会同科研部注销经费账号，将该经费转拨至医院管理基金。课题结题后的结余经费可部分或全部转拨当事人的课题结余经费账号，按照横向科研经费管理办法使用；也可对结余经费进行部分或全部提成，提出比例按医院管理办法规定执行。
（三）提取经费的使用说明
1．医院管理基金 由医院财务部提取，用于全院科技工作的风险防范积累和科技财务管理。
2．医院科技发展基金 由医院科研部提取，用于全院科技建设和管理。
3．学校科技管理基金 由学校科技处提取，用于学校科技建设和管理。
4．药品临床试验中心基金 由药品临床试验中心提取，用于中心的基地建设和管理。
5．科室基金 由课题负责人所属科室提取，用于科室的科技建设和管理。
6．支付劳酬外协由课题负责人在规定额度的上限之内作一次性现金提取，用于支付课题实施中的个人工作劳酬、外单位协作劳酬等。课题负责人在提取现金时，应自觉履行国家规定的个人所得税纳税义务，按照10%比例一次性上缴个人所得税。
（四）科研经费的使用报销说明
1．各类纵向科研经费、横向科研经费的使用报销 参照医院及学校的文件要求执行。药品器械临床试验项目的临床观察实施费用属于研究经费，可占总经费的50%。
2．经费转拨的管理 科研项目经费不得在院内院外任意转拨。确因研究工作需要转账拨付院外的科研经费，纵向科研经费以项目任务合同书批件为依据，横向科研经费以合同书为依据，经医院科研部核实后方可执行。转拨金额在1万元以下由科研部负责人签字审批，1万元以上由科研副院长签字审批。
3．科研经费使用报销的审批 科研经费的使用报销均由课题负责人签字审批，由课题负责人向项目主管部门和医院承担使用责任。课题负责人本人的出差报销由科研部负责人签字审批。
（五）关于科研经费成本扣除的说明
在医院开展的科技活动，按医院经管办法规定，进行成本核算，扣除成本，扣除成本的金额部分作为医院科技工作扶持基金，再投入到项目研究经费中。
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