在日常生活中溃疡性结肠炎比较好辨认，如有腹泻、大便不成形，黏液便及脓血便，腹痛、肠鸣等症状，通过结肠镜检查可明确诊断。此病刚开始服用磺胺类及抗生素药物可控制病情，多次复发后，用此药疗效甚微，应到当地医院请专科医生帮助诊断。容易与下列疾病相混淆：
1.急性自限性结肠炎 各种细菌，如痢疾杆菌、沙门菌、耶尔森菌、空肠弯曲菌等感染。急性发作时发热、腹痛较明显，粪便检查可分离出致病菌，抗生素治疗有良好效果，通常在4周内痊愈。
2.慢性细菌性痢疾 常有急性菌痢病史，粪便检查可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查时取黏液脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌药物治疗有效。表现有持续轻重不等的腹痛、腹泻、里急后重，排黏液脓血便的痢疾症状，病程超过2个月。
3.肠易激综合征 发病与精神、心理障碍有关，常有腹痛、腹胀、腹鸣，可出现便秘与腹泻交替，排便习惯改变和大便性状异常、黏液便等表现的临床综合征，持续存在或反复发作，经检查排除可以引起这些症状的器质性疾病。伴有全身神经官能症症状。粪便有黏液但无脓血，显微镜检查偶见少许白细胞，结肠镜等检查无器质性病变。
4.大肠癌 大肠癌为结肠癌和直肠癌的总称，多见于中年以上人群，直肠癌指诊检查时常可触及肿块，粪隐血试验常呈阳性。结肠镜和钡灌肠检查对鉴别诊断有价值，但须和溃疡性结肠炎癌变相鉴别。直肠结肠癌表现为早期多无症状。早期征兆是:粪便形状改变，如由粗变细。粪便变黑或黯红色，粪便变稀、有黏液。排便次数增多，但却排不出粪便。痔反复不愈，不明原因的贫血，体重减轻，不明原因的腹胀、腹痛。一旦进入晚期，可出现较明显的症状，例如：消瘦、贫血、腹部肿块，但有些症状并非特异，且与癌肿所在的部位有关。
5.阿米巴肠炎 病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠。结肠溃疡一般较深，边缘潜行，溃疡与溃疡之间黏膜多为正常。粪便检查可找到溶组织阿米巴滋养体或包囊。通过结肠镜采取溃疡面渗出物或溃疡边缘组织也可查找到溶组织阿米巴滋养体或包囊。血清抗阿米巴抗体阳性。抗阿米巴治疗有效。
6.结肠血吸虫病 有血吸虫疫水接触史，主要表现为腹痛、腹泻、脓血便。慢性期直肠可有肉芽肿样增生，可有恶变倾向。多数有以左叶为主的肝大，少数伴脾大。粪便检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴呈阳性结果。直肠镜检查在急性期可见黏膜有黄褐色颗粒，活检黏膜压片或组织病理学检查可发现血吸虫卵。
7.缺血性结肠炎 多见于老年人，由动脉硬化而引起。突然发病，下腹痛伴呕吐，24～48小时出现血性腹泻、发热、白细胞增高。轻者为可逆性过程，经l～2周至1～6个月的时间可治愈；重症者发生肠坏死、穿孔、腹膜炎。钡灌肠X线检查时，可见指压痕征、假性肿瘤、肠壁的锯齿状改变及肠管纺锤状狭窄等。内镜下可见由黏膜下出血造成的黯紫色隆起，黏膜的剥离出血及溃疡等，与正常黏膜的明显分界。病变部位多在结肠脾曲。
8.其他 感染性肠炎（如肠结核、沙门菌结肠炎、耶尔森杆菌肠炎、空肠弯曲菌肠炎、抗菌药物相关性肠炎、真菌性肠炎等）、放射性肠炎、过敏性紫癜、胶原性结肠炎等应与本病鉴别。
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