基因芯片检测质量控制的现状

基因芯片已经成为一个能同时检测数以千计基因转录水平的高通量基因分析技术，这种技术适用于肿瘤等疾病的诊断与预测、产前筛查、健康评估、基因功能验证、药物靶标筛选、毒理学评估等。目前已建立若干基因芯片检测分析平台：Affymetrix HG-U133、Agilent Human 1A、Amersham USH1和Mergen H05，但基因芯片技术在临床上应用尚受多种瓶颈制约，主要表现为：假阳性高、假阴性高、高背景噪声、重复性差、无适宜的质控品及标准品、实验成本较高等。

在基因芯片技术中，重复性较差是制约其应用的主要原因之一，其差异主要来源于：①检测仪器的偏差；②技术因素造成的偏差，包括样本制备，RNA提取和保存，实验地点和人员，甚至包括不同人员的操作；③个体差异造成的偏差，即生物学偏差。原则上讲，在不同的检测系统中，要求仪器偏差和技术性偏差之和低于生物学偏差。但在人肌肉活体组织切片的基因芯片分析中，最大的误差来源是提取的细胞在活体组织切片的位置，这时，RNA提取、cDNA合成和其他构建芯片平台过程中所带来的偏差全部都被生物学偏差掩盖。

目前针对上述问题最行之有效的解决方法仍然是采取重复测定的方式，如使用不同的芯片检测同一个样本，重复取样并将几次取样获得的标本混合后进行检测，但这种方法降低了检测单个基因生物学反应的能力，亦大大增加了实验成本。

合适的质控品、标准品、校准品是保证分析系统精密性与准确性的必要条件，基因芯片技术中上述物质如何制备，内参(或内标)能否作为质控或校准标准等尚无定论。目前的基因芯片分析检测大部分还处于各自为政的状态，没有建立起统一的检测标准和操作规范，临床基因芯片分析虽极具前景，但也任重道远。