如果说蔡元培在争取经费保障上做得很艰难的话，那么，他在使大学摆脱宗教的影响上则非常成功。然而，我们对此不免会有疑惑：中国文化历来缺乏宗教传统，中国人一向不具宗教精神，那么，蔡元培为什么在治校期间却一再向人们提醒宗教教育的危害性？他为什么在《教育独立议》中甚至把宗教与政治并列为实现教育独立的大敌，提出学校不得有传教课程和仪式，传教者不必参与教育事业？他为什么苦心要用美育去替代宗教？这样做是不是有些无的放矢？
实际上，蔡元培在教育上对宗教的反对是非常有针对性的，他所针对的是两方面的问题：
1．摆脱西方教会教育的影响，确立国立大学的文化自主性
毋庸讳言，西方近现代教育思想的演进与教会有密切的关系，最初的大学就是在耶稣会体系中孕育出来的。然而，大学教师与耶稣会士的重要差别在于，“他们是按照自己确实看到的样子来描绘事情的，绝不认为他们是在诉诸人为的修饰；而耶稣会士们则是在一定程度上刻意地冲刷真正的事实，以便让它们以他们认为更合适的面目出现在学生面前。在这里我们看到了一种立场上的差异，而未来就可以在这种立场上打造出来”。[28]即使是身为天主教大学校长的纽曼在其著名的《大学的理念》里，也承认大学的本质是独立于教会的。他反问道：如果大学意在宗教训练，而不是全面的知识传授和心智的培养，它如何能够成为文学和科学的中心呢？当然，在他看来，教会对保证大学的“完整性”是必要的，因为它可以发挥精神性的作用，有助于真正的德行的培育。[29]然而，到了霍布斯和洛克的时代，教育所关注的已经完全变为学理或意见的训练，[30]因为“野心和对荣誉的贪欲是不可能从人的思想中消除的”，但大多数人通过大学讲坛知道其义务后，就可以不被少数别有用心的人用作扩张野心、危害国家的工具。这样，大学就变成了世俗学理与道德学说的泉源，“传道士与士君子都从这里汲取自己所能找到的泉水，并把它在讲坛上和谈话中洒在百姓身上。”[31]随着现代西方社会政教分离的体制的逐步确立，教育作为世俗政治和公民社会的重要组成部分，也与教会渐行渐远。
但是，西方对中国的影响却是教会先行的。西方教会在华办学是其文化渗透的重要手段。在蔡元培治校的时代里，西方教会势力对中国的影响远远大于西方大学的理念在中国的传播。当时国立大学仅有北京大学、北洋大学和山西大学三所，而教会大学则有震旦大学、辅仁大学、上海圣约翰大学、燕京大学、岭南大学、金陵大学等十余所。[32]因此，在清末就已经开始出现反对教会学校教育的风潮。而蔡元培1922年3月发表的《教育独立议》更成为20世纪20年代中国收回教育权运动的先声。蔡元培在此文的相关论述明显是就教育与教会的分治而展开的。在他看来，教育是进步的，而教会是保守的；教育是跨越各种界限的，而教会是各个有界的，因此，教育事业不可不超然于各派教会以外。[33]由于教会皆来自西方，因此，此文实际上指向的是中国文化教育的自主性问题。“我们看到，一有教会学校开办，就要宣扬某种宗教教义，就产生新的效果，造成新的一面，从而与我们传统教育相抵触。中国的教会忽视了中国的历史、文学及其他重要的学科，正自行建立另一套与中国国家教育制度相并行的教育制度。不过总有一天会证明，这种教育制度是为中国的国家教育制度所不能相容的。”[34]
2．防止把儒家文化宗教化
如果说使大学摆脱西方教会的影响是为了确立中国文化的自主性，那么，防止把儒家文化宗教化则是为了破除自大的旧习。因为在袁世凯当上民国临时大总统后，出于复辟帝制的政治需要，鼓励或怂恿康有为等人的孔教会进行封建复古活动。作为曾深受儒家文化熏陶的蔡元培敏锐地意识到了其中的危险信号，坚决地反对把儒家宗教化。他明确提出：“宗教是宗教，孔子是孔子，国家是国家，各有范围，不能并作一谈。”“孔子之说，教育耳，政治耳，道德耳。其所以不废古来近乎宗教之礼制者，特其从俗之作用，非本意也。”[35]所以，蔡元培任教育部长时使普通教育废止读经、大学废经科，是出于当时的政治斗争形势所迫，以保护教育不被宗教意识形态侵扰之举。“并经科于文科，与德国新大学不设神学科相类。”[36]但前文已提及，废经也带来了一些负面效应，尤其是对中国文化自主性的影响。而蔡元培所提出的“美育代宗教说”正是一种应对之策。因为无论政教分离与否，宗教对西方人的影响甚大。宗教所影响的，不外是人之知识、意志和情感三方面。在蔡元培看来，现代科学的兴起，不仅迅速占领了知识领域，而且深刻地影响了意志领域，唯情感领域还可由宗教所主导。然而，对中国人来说，无论是科学，还是宗教，都是舶来品。如果任由这些舶来品占领大学阵地，中国文化的自主性从何谈起？对于深受德国大学理念影响的蔡元培来说，源自西土的近代科学精神是他深信不疑、终身守护的东西，但是，他在情感上却是地道中国的。因此，他在举证美育的价值时，是中西并举的；而在谈新教育的五个方面时，则把美育与世界观教育隐然列为新教育的至高目标，这些都可窥见他欲树立中国文化自主性的文化本能。[37]不过，在蔡元培那里，这种自主性的文化本能尚未被提升为一种非常自觉的文化理论。
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