乡镇集体经济产权制度改革程序复杂，要对延续几十年的历史问题作出处理，更要对未来一段时间的发展作出安排，要注意方法步骤，逐步推进。针对推进改革工作中的难点问题及遇到的障碍要全面调查，深入研究和探讨。各乡镇的情况千差万别，区域特色各异，发展水平不尽一致，推进过程不能搞一刀切，要注意从各自的实际出发，既认真学习借鉴已有的经验做法，又不生搬硬套、互相攀比，允许改革的具体方案和做法有所差别，做到原则性和灵活性相统一。要根据自身的资产、资源、区位的特点等实际情况大胆创新，采取灵活多样的改革形式，分批、分类指导，积极稳妥地推进改制工作。
乡镇产权制度改革鼓励各乡镇结合自身情况进行探索，鼓励各乡镇形成不同的改革模式。但在涉及乡镇集体经济产权结构和产权关系的一些根本性问题方面，各乡镇产权制度改革中必须明确把握，必须充分论证改革操作模式的合法性，避免遗留改革隐患。
首先，要明确乡镇集体经济组织成员资格的认定标准。乡镇集体产权制度改革根本上是对原集体经济产权关系的改革，界定清楚原集体经济组织产权主体是进行改革的根本前提。虽然如前分析，我们认可村集体经济组织的法人地位及其作为乡镇集体经济组织成员的资格，但是在具体改革操作过程中，界定乡镇集体经济组织成员资格问题上，我们建议还是应当多从自然人成员资格界定方面进行考虑。
其次，要明确乡镇集体经济组织与村集体经济组织之间的关系。乡镇集体经济组织和村集体经济组织应当是两个具有平等法律地位的经济组织。从经济主体地位上看，二者不存在上下级关系，也不存在隶属关系，二者是完全平等的民事权利主体。但是在集体经济经营过程中，不排除乡镇集体经济与村集体经济之间的关联性，比如乡镇集体占用村集体用地等资源资产上的关联性。因此乡镇集体经济产权制度改革中应当肯定村集体经济组织的产权地位。
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