阿尔科特对美国教育思想史的贡献首先在于他的人性论。在《人类文化的信念和法则》（The Doctrine and Disciline of Human Culture,1836)一文中，他明确提出“人是造物主最高贵的杰作”。[14]他以神为摹本，浸透了神性，是完人的形象(Image of Perfect Man)。尤其是儿童，他们受神的差遣来到世上，是为了拯救堕落的成人（Fallen Man），重回天堂。[15]他们的心灵纯洁无瑕，未受世俗的玷污，同时上帝又赋予他们善与美，将天赋的才能种植在他体内，而教育不过是一种让他的天性自然展示的途径。像柏拉图一样，他坚信，知识早已储存在他头脑中间，教育只是唤起了他的回忆。[16]这和传统的加尔文教的观点大相径庭。加尔文教认为每个人生来便背负了原罪，儿童的天性中充斥了与生俱来难以洗脱的罪恶，要消除它，必须严加管束，甚至施以捶楚，才能使这些迷途的羔羊重回正道。
他本人就是在旧式教育的压抑和迫害下长大的，所以一旦有机会开办他自己的学校，他毫不犹豫地抛弃了传统教育中的训饬和体罚，而代之以谈话和开导。对于犯错的学生，只要承认缺点并当众道歉，就不必受到惩罚。超验主义者如爱默生、梭罗及富勒，都曾当过小学或中学的老师，在尊重儿童，反对体罚方面也是惊人的一致，这和他们的超验主义儿童观是密不可分的。
教育史家孟福德(Lewis Mumford)有言，“超验主义者最主要的遗产在于儿童快乐的信念。”[17]机械的拼写，单调的背诵，鹦鹉学舌般的强迫记忆，显然不能使儿童快乐。在神庙学校，他将音乐、美术和舞蹈结合在一起，并在教室中间预留出学生自由活动的场地，很大程度上做到了寓教于乐。虽然无处不遭受家长的反对，但他举办的学校却毫无例外地受到学生的欢迎，正因为这种教育方式乃是建立在对儿童天性的正确认识的基础之上。值得注意的是，和后来的进步主义教育乃至20世纪60年代以后的自由教育不同，他所理解的儿童的快乐并不等同于肆意享乐。相反，他认为儿童在早期仍需要道德检束和引导，因为毕竟孩童只是半神(demigod)，他可能会犯错，关键在于他要能认识并诚心悔过。他曾记载路易莎和安娜为争一只苹果而吵架的事。后来小路易莎终于明白，相对于一只苹果的爱，他对姐姐的爱要更大些。[18]知错而能改，正是由于儿童天生的向善性，也正基于此，和爱默生一样，他呼吁“儿童必须受到尊重”。[19]
在他的观察中，他还发现婴儿的头脑中充满了“感觉模糊的期望”，诸如升华的理性，纯洁的爱，崇高的期望和愉快的记忆；发现了“有意识有理智的心灵”可在两个月左右辨别出来，发现了婴儿的自我依赖感，在爱抚的环境中体现得最充分，并发现了个体持续发展的关键是自我控制和发自心灵的热情。[20]或许这些数据与发现跟现代儿童教育心理学相比最多只能算是一种原始的记录。但作为一流的教育思想家，他的开创之功究竟是不能抹杀的。他的结论是一旦先天的本性与后天的教养融为一体，教育家就能够明白人的潜能的真正范围。相信个人潜能的无限性，这也是他和爱默生教育思想的一致之处。
作为超验主义者，阿尔科特相信精神高于物质，具体的物质世界不过是一种表象，精神才是其中更为本质的内容。而精神，在很大程度上，对于个体而言，就是指个人的道德完善。他本人早年时常以救世主弥赛亚自居，认为他来到世间的目的就是要通过教育改革来拯救世界。[21]而教育，首要的便是培养和提升人的道德。他本人年轻时曾经一度陷入迷茫的困境，后来通过潜心攻读和贵格会友人的感化才重回正道，因此他深信宗教的道德力量。除了课堂讲解列举的若干道德箴言和宗教故事，他还要求学生阅读《圣经》《天路历程》《仙后》(The Faerie Queene,1590)《埃奇沃思小姐故事集》(Moral Tales by Miss Maria Edgeworth,1801)等宗教和道德书籍。用他自己的话说，“我们需要学校不仅仅为了传授知识，更是为了培养道德。”[22]或者像他论及教育的目标时所说的，“教育的目的不仅在于孩子的头脑中储存有用的知识，更在于引导出他们的精神。”1如此一来，作为教师，就不是驱使儿童进步，而是“陪伴着他进步的过程，与之共同成长。”[24]
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