自20世纪60年代至今，赤潮给人类带来的危害越来越严重（国家海洋局，2001）。
（1）影响海洋生态系统。赤潮藻可以分为能产生毒素的和不产生毒素的两类。当赤潮藻产生毒素后（见插文），较低营养级的生物会将毒素传递到较高营养级，产生富集效应，海洋哺乳动物或者鸟类因赤潮藻毒素中毒事件因此时有发生。即便赤潮藻未产生有毒物质，当赤潮藻达到一定密度，也会降低光线透过率，对海草床和珊瑚礁造成影响；赤潮藻死亡后藻细胞向下沉降，其降解过程会消耗底层溶解氧，对底栖生物产生破坏性影响（Zingone，2000）。
藻毒素介绍
由于海洋微藻毒素的发现多起源于贝类或鱼类，故又称为贝毒或鱼毒。有毒藻毒素的结构差别很大，既有复杂的多（聚）醚类化合物也有简单的氨基酸。根据毒素对人类引发的中毒症状和藻源来进行分类，常见的藻毒素可分为麻痹性贝毒（paralytic shellfish poisoning，PSP）、腹泻性贝毒（diarrhetic shellfish poisoning，DSP）、记忆丧失性贝毒（amnesic shellfish poisoning，ASP）、神经性贝毒（neurotoxic shellfish poisoning，NSP）及西加鱼毒（ciguatera fish poisoning，CFP）。产生藻毒素的主要赤潮藻如下：
☆麻痹性贝毒（PSP）：塔玛亚历山大藻
☆腹泻性贝毒（DSP）：尖鳍甲藻
☆神经性贝毒（NSP）：短裸甲藻
☆记忆缺失性贝毒（ASP）：拟菱形藻
☆鱼毒（CEP）：某些原甲藻
我国沿海地区因食用贝类引起的一些中毒事件
续表
（2）赤潮会破坏海洋生态结构，随之造成非常严重的经济损失。比如，我国1998年共计暴发过22次赤潮，其所带来的经济损失超过了10亿元；同时我国海洋生态服务价值为2728亿美元/年，按照生态灾害对海洋生态服务价值负面影响来看，赤潮造成的损失超过生态服务总价值的4%（赵领娣等，2007）。
（3）对养殖业、渔业等的发展带来负面影响。赤潮藻会产生有毒物质，导致海洋经济生物死亡，造成经济损失。同时，这些毒素在海洋经济生物体内积累，被人们摄入后也会威胁到人们的身体健康，间接影响经济发展。
（4）当赤潮发生时，海水水质会发生改变，影响旅游业。
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