《水污染防治法》第75条第1款规定：“在饮用水水源保护区内设置排污口的，由县级以上地方人民政府责令限期拆除，处十万元以上五十万元以下的罚款；逾期不拆除的，强制拆除，所需费用由违法者承担，处五十万元以上一百万元以下的罚款，并可以责令停产整顿。”第2款规定：“除前款规定外，违反法律、行政法规和国务院环境保护主管部门的规定设置排污口或者私设暗管的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期拆除，处二万元以上十万元以下的罚款；逾期不拆除的，强制拆除，所需费用由违法者承担，处十万元以上五十万元以下的罚款；私设暗管或者有其他严重情节的，县级以上地方人民政府环境保护主管部门可以提请县级以上地方人民政府责令停产整顿。”第3款规定：“未经水行政主管部门或者流域管理机构同意，在江河、湖泊新建、改建、扩建排污口的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，依照前款规定采取措施、给予处罚。”
《水污染防治法》第81条第1款规定：“有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处十万元以上五十万元以下的罚款；并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭：（1）在饮用水水源一级保护区内新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目的；（2）在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目的；（3）在饮用水水源准保护区内新建、扩建对水体污染严重的建设项目，或者改建建设项目增加排污量的。第2款规定：“在饮用水水源一级保护区内从事网箱养殖或者组织进行旅游、垂钓或者其他可能污染饮用水水体的活动的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处二万元以上十万元以下的罚款。个人在饮用水水源一级保护区内游泳、垂钓或者从事其他可能污染饮用水水体的活动的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，可以处五百元以下的罚款。”
我国关于饮用水源保护法律责任的规定处罚方式单一，处罚力度不够；罚款只有一个等级、数额不高，对污染者没有因污染程度等不同的处罚区别，特别缺乏对反复、多次违法行为和偷排行为的严厉制裁。这样的规定对污染水源者和不履行责任的管理人员起不到应有的警示和威慑作用，与现实需要严重不符。环保部门没有扣押、封存污染设备、设施等行政强制执行的权力，不利于保护环境。应当从“不能使违法者从其违法行为中获利”的原则出发，增加罚款的等级，加大处罚的力度。2014年《环境保护法》增加了“按日处罚”的规定[25]，对饮用水水源保护区法律责任制度的完善提出了更高的要求。法律应当赋予环保部门扣押、封存污染设备设施等行政强制执行的权力，以更好地保护环境。
我国法律规定的多是结果责任，发生了危害后果才给予处罚，缺乏对危险行为的制裁，不符合预防为主的基本原则。“在饮用水水源保护区内设置排污口的，县级以上地方人民政府责令限期拆除”而不是由环保部门“责令限期拆除”；“私设暗管或者有其他严重情节的，县级以上地方人民政府环境保护主管部门可以提请县级以上地方人民政府责令停产整顿”而不是由环保部门“责令停产整顿”；“在饮用水水源一级保护区内新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目的，在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目的，在饮用水水源准保护区内新建、扩建对水体污染严重的建设项目或者改建建设项目增加排污量的，”由县级以上地方人民政府环境保护主管部门报经有批准权的“人民政府批准”，“责令拆除或者关闭”，这些规定为地方政府在“协调原则”之下优先发展地方经济提供了方便，违背了“生态优先”的基本原则。
污染饮用水水源地的行为可以按照过失以危险方法危害公共安全罪[26]进行定罪处罚。建议增设“污染水源地罪”，该罪属于过失犯罪，侵犯的客体是水源地保护区本身，不是“过失以危险方法危害公共安全罪”和“重大环境污染事故罪”中的公私财产。
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