违反限期治理制度要承担一定的环境行政责任。环境行政责任指行政法律关系的主体违反环境行政法律法规或不履行环境行政法律义务所应承担的行政方面的责任。[8]违反限期治理制度的责任主体有环境监督管理部门（包括其受委托的组织和环境行政管理公务员）和环境管理相对人（即企事业单位及其相关负责人）。追究行为人的环境行政责任其目的不仅是要对环境违法行为所产生的后果进行补救，还要对环境违法的行为人进行惩罚。与此相对应，环境行政责任包括补救性的环境行政责任和惩罚性的环境行政责任。综观现有环境法律、法规的规定，根据责任主体的不同，限期治理的法律责任主要有以下几种形式[9]。
（一）对于违反限期治理制度相对人的环境行政处罚
我国《环境保护法》第39条规定：“对经限期治理逾期未完成治理任务的企事业单位，除依照国家规定加收超标排污收费外，可以根据所造成的危害后果处以罚款或责令停业关闭。罚款由环境保护行政主管部门决定。责令停业、关闭，由作出限期治理决定的人民政府决定；责令中央直接管辖的企事业单位停业关闭，须报国务院批准。”
同时，我国的环境单行立法也做了类似的规定。例如：
（1）《大气污染防治法》第48条规定：“向大气排放污染物造成国家和地方规定排放标准的，应当限期治理并由所在地县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门处一万元以下罚款。”
（2）《水污染防治法》第52条规定：“造成水体严重污染的企事业单位，经限期治理，未完成治理任务，除按照国家规定征收两倍以上的超标排污费外，可以根据所造成的危害和损失处以罚款或责令其停业或者关闭。”
（3）《噪声污染防治法》第52条规定：“除依照国家规定加收超标排污费外，可以根据所造成的危害后果处以罚款，或者责令停业、搬迁、关闭。罚款由环境保护部门决定。责令停业、搬迁、关闭由县级以上人民政府按照国务院规定的权限决定。”
（4）《固体废物污染防治法》第62条规定：“对经限期治理未完成治理任务的企业事业单位，可以根据所造成的危害后果处以十万元以下的罚款或责令停业、关闭。”
（二）对于违反期治理制度相对人的环境行政处分
依照《企业职工奖惩条例》规定，处分形式包括记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除。根据《环境保护法》第38条规定：“对经限期治理未完成治理任务造成了环境污染事故的企业事业单位，由环境保护主管部门或其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门根据所造成的危害后果处以罚款，情节较重的，对有关责任人员由其所在单位或其政府主管机关给予行政处分。”此规定的目的是为了加强有污染防治责任的领导人和责任人的环境意识和责任心，减少违法行为。对此各地方也做了相应的规定，如2005年《山西省环保专项行动违法行为行政责任追究制度》第5条第5款规定：“因环境违法行为被责令关闭、停业，未经有权机关批准擅自恢复生产、经营活动的；各机关、团体、企事业单位及个人由环境保护行政主管部门将其违法、违纪情况移送至行政监察部门，由行政监察部门根据其违法、违纪程度，给予相应的处分。”
（三）对于环境监督管理人员的行政处分
当环境监督管理人员徇私舞弊，玩忽职守，滥用职权，不依法作出决定或履行检查任务的行为，根据《环境保护法》第45条规定，由其所在单位或政府主管机关给予行政处分。行政处分是一种身份责任，主要针对的是环境保护公职人员。环境行政处分根据《国家公务员暂行条例》可分为警告、记过、记大过、降级、撤职和开除。此规定有利于环境监督管理部门更好地履行其职责。
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