据《甘肃省教育志·续志》（送审稿）记载，1987年以来，甘肃省普通高中教育与全国普通高中教育的发展一样，经历了从控制办学规模、调整学校布局结构，到加强标准化学校的建设和重点中学建设，以及示范性高中建设的发展过程。进行了教育体制改革、教育教学改革、高中毕业会考、课程教材改革等诸方面的发展变化。自1997年，在认真落实《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》有关扩大高中阶段教育规模的精神下，甘肃省普通高中教育加快了发展步伐。
（一）办学规模
2002年，在教育体制改革的促进下，甘肃省加大了对高中教育的统筹权和决策权，各地采取初高中分离，社会力量办学等多种形式，兴办普通高中。至2005年，甘肃省完全中学数量从481所减少到384所，普通高中学校数量从1987年的9所增加到113所，初中升学率从1987年的30.5％上升到48.5％。从1987—2000年间，甘肃省基础教育的发展坚持“发展特幼、充实小学、加强初中、控制高中”的发展原则，普通高中教育贯彻控制规模、提高质量的方针。1990年，甘肃省政府办公厅转发甘肃省教委《关于调整中学布局，提高办学效益的意见》，针对“中学规模过大，经济难以承受；高中发展过快，影响了九年义务教育的普及；普通高中布局分散、设点多，使有限的人、财、物难以集中使用”的现状，提出调整的原则和方法步骤，从1990年秋季开始实施。随着九年义务教育的扩大，广大群众对送子女进入高一级学校上学的需求不断增强，2000年以后，高中教育的规模才逐步扩大。
2001年，甘肃省政府制定《甘肃“十五”教育发展规划》（以下简称《规划》），明确了普通高中发展思路。同时，制订下发《甘肃省政府关于加强基础教育改革与发展的决定》（以下简称《决定》）。《决定》提出，努力发展高中阶段的教育，每县首先要集中力量办好一所普通高中。根据两个文件精神，“十五”期间，全省将建成35所省级示范性普通高中；未实现“两基”的地方，高中阶段教育要有较大发展；城区和经济较发达地区的高中阶段教育要基本满足社会的需求，鼓励有条件的地区实行完全中学的高中和初中分离，努力扩大高中规模；鼓励社会力量举办高中阶段教育，鼓励发展普通教育与职业教育相沟通的高级中学。2001年，普通高中招生人数首次突破了10万人，此后每年都以较快的速度发展。
2003年10月，甘肃省教育厅在张掖、酒泉两市召开全省普通高中建设现场会议，传达了全国普通高中发展与建设经验交流会议精神，总结交流近年普通高中建设的经验，研究部署今后一个时期甘肃省普通高中建设工作。会后，甘肃省教育厅制定印发了《关于加快高中教育与改革的意见》，从提高认识、明确目标、加快改革与发展步伐；理顺体制，完善机制，深化高中教育体制改革；更新观念，强化管理、提高高中教育质量；强化培训，优化结构，提高高中教师队伍的整体素质；加大投入，改善条件，提高高中教育办学水平；强化监督，以法治教，规范高中办学行为等6个方面提出了加快高中发展与建设的30条措施。甘肃省教育厅首次设立城市教育费附加公众建设项目筹措专项经费2990万元，支持31所高中建设。2005年，普通高中招生人数首次突破20万人。
（二）管理体制的改革
据《甘肃省教育志·续志》（送审稿）记载，从1987—2000年间，甘肃省大部分普通高中没有从完全中学分离出来，各学校仍实行由1986年甘肃省教育厅党组决定的校长责任制，建立由校长负责学校全面工作，党支部保证监督，教职工民主管理的学校管理体制。
自2000年以后，普通高中教育同九年义务教育的管理体制改革同步，实行“在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主”的管理体制。积极鼓励和支持社会力量以各种形式举办高中阶段等其他教育。加大地、州、市政府对高中阶段教育的统筹权和决策权。地、州、市负责制定本地区高中阶段教育发展规划，并组织实施。
2002年，各地采取初高中分离、社会力量办学、普通教育与职业教育相沟通、公办学校改制试点和采取国有民办、民办公助、股份制、联合办学等多种形式，增强普通高中办学活力。兰州市政府制订了《推进企事业中小学办学体制改革的试行办法》。兰化、兰炼和兰铁分别成立了“兰化中小学总校”、“兰炼教育实业集团”和“兰州铁路教育实业集团”；天水市已有两所企业学校从企业成功剥离，为企业中小学改制积累了经验。至2004年，甘肃省贯彻落实企业学校移交地方进行管理工作的有关规定，中国石油、中国石化、兰州铁路局等系统40多所中小学平稳、顺利地划拨转移交地方政府管辖。
民办高中办学规模、办学水平、招生规模也在不断发展。截至2002年年底，全省有民办高中40所，民办高中占普通高中总数的9.1%，民办高中在校生总数9346人，比上年增长55.2%。与1998年相比，民办高中学校数、在校生数分别增长了31所和8360人。
2003年，甘肃省教育厅印发《关于加快高中教育改革与发展的意见的通知》，对高中教育管理体制作了进一步说明，落实“以县为主”的高中教育管理体制，县级人民政府对高中教育负有主要责任，要在普及、巩固九年义务教育的同时加快高中教育发展，要进一步落实县级人民政府对高中教育发展的各项职责，为高中建设和发展提供良好的条件和保证。加强对企业办学的管理，对企业改制或企业效益不好而影响正常办学、政府又暂时不能接管的高中，可通过“民办公助”、“公办民助”等形式改革，以增加办学活力，防止教育资源的浪费和流失。
2004年，基础教育“以县为主”的管理体制得到加强，全省中小学教师工资管理全部上收到县。
2005年，基础教育“以县为主”的管理体制进一步完善，政府加大教育经费投入、促进基础教育发展的责任逐步得以落实。学校从企业分离，由社会办的步伐加快，企业移交地方政府管理的中小学运转正常。甘肃省教育厅制订下发了《关于下放初中毕业升学考试管理权限的通知》，将“三考合一”（普通初中毕业考试、普通高中招生考试、职业中专招生考试合并为一次进行）管理权限下放到市、州，进一步理顺了管理体制。
（三）学校行政组织机构
据《甘肃省教育志·续志》（送审稿）记载，2000年前，完全普通中学实行的校长负责制中，校长与党支部书记分别由一人担任。自2000年后，大多数中学实行校长兼任党支部书记职务的制度，并实施校长聘用教职工的聘任制。
现以兰州市第二十七中学为例，反映20世纪90年代末至2005年以来，普通中学学校行政组织机构的情况：学校领导5人，其中校长兼党支部书记1人、副校长3人、专职工会主席1人。学校共设4个科室，其中办公室（党政合一）辖档案室；教务处辖教研组、教研室、图书室、实验室；总务处辖财务室、保管室、传达室。
2002年前，兰州市第二十七中学共有教学班36个，其中初中班12个，高中班24个；2002年改为独立高中后，共有教学班36个，每个年级12个教学班。
（四）学校编制
据《甘肃省教育志·续志》（送审稿）记载，1994年，全省高中师生比为1∶11.7，低于全国的1∶15。据此，全省教育工作会议提出，中学要通过合班并校，调整布局等办法，在确保“两基”任务的前提下，有计划地减少或增加学校数量，扩大校均规模和班额，提高师生比例，提高办学的投资效益。强化学校管理，建立、健全校长负责制、教师定编聘任制、教师岗位责任制等，定编定员，减少人员，规范制度，责任到人。
2002年，甘肃省政府办公厅批转省编制办公室、省教育厅、省财政厅《关于实施中小学教职员工编制意见的通知》，并制订了《关于实施中小学教职工编制标准的意见》。《意见》从定编原则、定编范围、调整布局、核定编制、组织实施五个方面，进一步规范学校编制，并制订“中学教职工编制标准”。城市高中教职工与学生比为1∶12.5；县镇高中教职工与学生比为1∶13；农村高中教职工与学生比为1∶13.5。
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