第二次远征

哥伦布返回后不久，急于想占有所发现的土地和财富的国王和皇后命令哥伦布马上返航回锡瓦奥岛。就这样，一支包括17艘船和1 200名船员的庞大船队，在不到5个月的时间内就组建完成了。这次殖民远征在当时欧洲派出去的远征中要算是规模最大的一次。哥伦布把自己的弟弟迪戈也带上做他的助手。本次远征的目的是要哥伦布在那里建一个永久殖民地，使当地土著人归顺，还要搞明白古巴是否真的是亚洲的一部分。

1493年9月25日，船队在喇叭的伴奏下，堂皇地从良港加的斯出发了。为了找到印第安人提示的位于锡瓦奥岛东南方的一些大岛，此次航向定得比上次更靠南了一些。11月22日，船队通过了莫纳海峡，到达了船队上次登陆的地方——锡瓦奥岛。然而他们发现此次印第安居民已不像上次那样对他们友好，他们用“圣玛丽亚”号做成的寨堡也已被夷为平地，在这里留守的人也没见了踪影。一年前哥伦布在这里结识的好友关喀纳加酋长告诉哥伦布，当他的帆船刚刚驶离海岛时，留下的40名船员们就开始你争我斗，他们抢夺的战利品无非两样：印第安女人和黄金。有些人霸占多名当地妇女当小妾，更多的人在岛上肆意抢掠。争斗最后发展到两名海员在搏斗中把对方杀死。后来，一支11人的探险小队前往该岛另一端的“金矿地区”寻找金矿，但是迎接他们的印第安部族显然没有先前遇见的那样温和，11名海员全部被杀。就这样，欧洲人的第一个殖民地因为殖民者的贪婪而自取灭亡。

为了报复印第安人，随船的传教士要求哥伦布将关喀纳加酋长处死，但哥伦布拒绝这样做，显然，他不愿失去在这个新世界的第一位，或许也是最后一位朋友。不过他也不愿意就此放弃自己的黄金梦，船队向岛的另一端行进，在靠近金矿的地区建造了以女皇名字命名的伊莎贝拉堡，哥伦布还将自己的石屋住所命名为“王宫”，期待有朝一日迎接西班牙王室。

之后，哥伦布让弟弟留下来统治殖民地，自己则继续在古巴和牙买加寻找黄金城。1494年，哥伦布派一艘船将此次冒险的第一批“战利品”运回西班牙，其中包括所有从印第安人手中夺来的黄金，还有首批奴隶。第二批载有550名奴隶的船在1495年出发，最后只有350人活着到了西班牙。

5个月后哥伦布又返回伊莎贝拉堡，此时他发现刚建立不久的新殖民地又是一片混乱。成帮结队的西班牙人在岛上来回游逛，不时地吓唬当地土著人，偷窃他们的黄金，抓人做苦役，因此一场公开的战争不久就爆发了，由于情势所逼，哥伦布也不得不率军队参战，对土著人进行屠杀。从1492年开始的50年中，伊斯帕尼奥拉岛上的几十万土著人几乎被灭绝。

由于有人控告哥伦布管理不力，刚愎自用，一个西班牙检察官于 1495年10月来视察了这个殖民地。1496年3月，哥伦布不得不离开伊莎贝拉回到西班牙替自己辩白。30个印第安人及250个感到失望的殖民者也随着哥伦布的两只小船回西班牙，因为船小人多，再加上一路上的饥饿，当 6月11日他们踏着艰难的步履走下舷梯时，这些面黄肌瘦的人都已几乎成为骷髅了。