培根从逢迎詹姆士的旨意开始而爬上高位，也正因为如此他背离了资产阶级的利益，最后导致了自己政治生涯的终结。詹姆士一世来自没有议会民主的苏格兰，因此，他惯于把议会看做王权的敌人。他反对议会讨论他的内政、外交政策，他命令议会把国事托付给唯一有权掌握国事的国王枢密院。他声言，臣民辩论国王所做的任何事，等于煽动叛变。议会则断言：它有权自由讨论一切真正有关臣民及其权利或地位的事务。因此，1611年议会被解散。1614年的议会也因为批评詹姆士一世的政策未及办理任何事务就被解散了。此后，英国议会一直未曾召集，直到1621年，詹姆士因筹款艰难，不得不召集议会。然而这次议会头一个举动就是要求改革专利权法案，由于培根对待专利权的态度，议会在培根宿敌的鼓动下，要求弹劾大法官培根。
他们提出的理由是：培根在待决案件的诉讼当事人中接受了礼物。其实，在当时给予或接受这样的礼物是司空见惯的，人们也不觉得是什么贿赂，但现在培根却为此受到指控。所以，培根在给詹姆士一世的信里提出，这是为什么？他说他自认自己还不是一个无节制的忠告者，不是一个贪婪的民众的压迫者，也不是一个傲慢的、不能忍受的可恨的人。他说，他从父亲那里就没有承继下天生的憎恨，相反，倒是天生的善良的爱国者。既然如此，那么对他的这些打击是为什么？
但培根是一个聪明绝顶而又知道大局的人，他明白事情的背景和意义，因此，他还告诫詹姆士一世：“现在打击你的大法官的人，恐怕将来也会这样打击你的王冠。”培根实质上是议会与王权斗争中的一个牺牲品。詹姆士一世自己也知道议会所追求的，是比惩罚贿赂更多的东西。因此，詹姆士在接到培根信后也曾为之奔走，亲自到议会去，要求议会停止对他的大法官正在进行的处理，或者希望能强烈地影响审判。他还要求建立一个经过他挑选的包括下院12人、上院6人的委员会来处理培根的案件，但都被议会拒绝了。上院强调他们有对罪犯审判的权威性。白金汉公爵则建议詹姆士一世索性解散国会，但詹姆士一世没有这样做。
当培根看到上院要把他的案子进行到底，并且很可能要判罪时，他于l621年4月21日致书国王，希望国王运用各种影响来帮助他。他将以认过、忏悔、并交出国玺来取代对他的起诉。他认为在全面仟悔的基础上交出国玺，这是400年来最严厉的惩罚了。
培根的信件于4月29日在上院宣读，白金汉公爵和查理士王子表示接受这忏悔，但舒桑顿则提出，培根是以受贿罪被控的，但在他的认过中却没有任何关于受贿的忏悔之辞。
1621年6月，上院终于通过了对培根的宣判，并正式公报如下：圣阿尔本斯子爵、英国大法官须付罚金及赎金四万镑；圣阿尔本斯子爵须监禁于伦敦塔内以候王命；在国家或联邦中永不雇用、不得担任任何官职；不得任国会议员，不得进入宫廷范围内地区。
由于詹姆士一世的关照，培根在伦敦塔只关了两天就被释放了，罚款也被国王豁免了。为此，培根于1621年6月4日给国王写了一封信，感谢詹姆士一世给他自由，而且还说，国王在他的麻烦产生之初，曾为他的遭遇掉过泪，他希望今后国王仍继续给予他恩宠。他表示，活着就要为国王服务，否则生命就没有意义了。同一天，他也致函白金汉公爵，感激公爵使他获释；但同时却提出，除非他能继续为国王、为公爵服务，否则他的身体虽然出狱了，但精神却仍在牢狱中。
尽管在当时的培根看来，下台并非就是他的政治生涯的终结。因为过去，上至伊丽莎白一世、博莱，下至目前指控他的不少贵族，都曾因各种不同的原因在伦敦塔被监禁过，就是他的宿敌也曾被贬过，但后来不是都仍在重要的职位上吗？因此，在下台后的初期，培根仍曾努力寻找政治职位，但一直没有成功，他才全力转入历史及理论的著述活动，由此才真正开始了培根生命中最有价值的历程。
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