相传有一天，我国清朝的光绪帝突然得了一种怪病，胸腹热胀、呕吐不止、汤水不进。文武大臣们个个心急如焚。
有位姓龚的御医黄连见情况紧急，想起了以前听他师傅说过，大山深处有种开绿色花的小草能治热病。于是，黄连便到云南的大山深处寻找他的师傅。
他找到师傅时，看到师傅在这大山之中开了一个草药园。那里面种着数百种中草药，师傅每天都精心地管理着这些草药。师傅听黄连说完皇帝的病症后，便拔了一些绿花小草给黄连。
黄连回宫以后，就熬了一碗草汤给光绪帝喂下去。谁知皇帝的病情很快就明显减轻，服用几次后竟然痊愈了。
光绪帝听说是用这种黄绿色的小草治好了他的病，连声赞扬，因这种草药是御医黄连所寻的，就把这种草药取名为“黄连”。后来，民间广泛流传着“黄连医皇帝”的歌谣：
良药苦口数黄连，绿花御用医皇帝。
清热解毒除沉疴，苦尽甜来百年方。
云南黄连是毛茛科多年生草本植物，高15厘米至30厘米。根状茎弯曲成钩状，表面深黄色，皮质粗糙，多为单枝结节状，节间短，体细小、质硬易断。
节间密、节部密生多数须根，年份越高的植株，地上部分生物量越少，但根茎较粗大。
云南黄连的叶丛生，三出复叶，叶柄长5厘米至25厘米。叶片呈披针形或狭卵形，稍革质，长6厘米至16厘米，宽3.5厘米至6.3厘米。
中央小叶呈卵状菱形，羽状深裂，长5.5厘米至15厘米，宽2.2厘米至5.5厘米，先端渐尖至长渐尖。小叶柄，狭卵状椭圆形，裂片偏斜，先端急尖，边缘具刺状齿。侧生小叶无柄或有短柄，呈斜卵形，叶脉两面突出，仅脉上有微柔毛。
云南黄连有花葶，高10厘米至30厘米，聚伞花序有花三四朵，苞片呈椭圆形，羽状深裂。其花淡黄绿色，萼片呈椭圆形，长七八毫米。花瓣呈匙形，长5.4厘米至6厘米。
云南黄连雄蕊多数，花柱外弯。其果实是由8粒至15粒较原始的半开启类型的离生心皮发育而成的葖果。蓇葖长7毫米至10毫米，近无毛；种子细小，多数，呈黑褐色。云南黄连通常春季开花，夏初果实成熟。
云南黄连的果实心皮的腹缝线上着生有两行相间排列的倒生胚珠，12枚至16枚不等。一个果内含有4粒左右成熟种子，呈棕褐色，长椭圆球形并稍有弯曲，表面有纵向条状花纹。
云南黄连为多年生宿根草本，植株寿命长达10年以上。花序轴通常在每年1月至2月从根茎顶端总苞中抽出，20天至25天内长至离地面不超过10厘米高，在花序轴长高后的10 天左右，幼花成熟，花期约15天。
云南黄连每个顶芽分化为一个花序或两片幼叶或两条黄色的营养繁殖体，而腋芽只长出觅养枝或幼叶。从顶芽和腋芽生出的觅养枝顶端又着生一个花序或一至两个营养芽，节部生须根并再长出新的觅养枝，由此沿地面枯枝落叶层或腐殖质层匍匐漫延。
觅养枝节间长1.15米至2.15米，从一个腋芽生出的觅养枝可在离母株根茎0.3米的范围内构成多分枝无性系。其中最长可分化为12个觅养枝，离母株最近的2个至4个节间木质化或半木质化为棕褐色根状物，着生须根的节部膨大成球形或椭圆球形，其上的腋芽又散生出新的觅养枝。
只有在整个营养繁殖体系最末端的觅养枝顶端才萌生出土幼叶，自然条件下觅养枝极少与母株发生断裂。
云南黄连的地下根茎比较瘦小，觅养枝不甚发达，大都出土成“芦头”，在母株周围未形成致密的多分枝结构，有部分实生苗，居群内个体散布在林下，为群落中的伴生种。各居群间甚至居群内在叶的形状、颜色、斑纹、大小以及觅养枝发生和发展等方面也有较大的分化。云南黄连包含花芽的混合芽于上一年7月底就已开始分化；种子5月上旬成熟，成熟后果实炸裂，种子散落于母株四周不超过0.4米，至第二年2月份子叶才出土。
更多的幼苗则是由觅养枝发出，无论是实生苗还是无性系苗，第一年只有一片进行营养生长的新叶，第二年春季发出第二片叶，秋季叶基部根茎才开始膨大成球形或长椭圆球形，同时腋芽发出幼小的觅养枝。至第三年，叶增至4片至6片，这时的营养生长才对根茎的膨大和整个植株生物量的增加起重要作用。
云南黄连分布于高山寒湿的林荫下，野生或有时栽培。分布区气候由于受西南季风的影响，干、湿季分明，冬春旱，夏秋多雨，年平均温约14℃，最冷月平均温为7℃。分布区年降水量1200毫米至1500毫米，约80％集中在雨季，相对湿度在77％以上。云南黄连多生长在中山红锥、薄叶青冈、木壳椆为优势的常绿阔叶林，和与之相接的铁杉针叶、阔叶混交林下陡峭山坡阴湿环境中，又有在山间凹谷、缓坡生长的生态位选择趋势。
这些森林在郁闭林冠下一般分为三四层，几乎没有直射阳光能够到达林下层，相对湿度达80％以上，地面为深厚的枯枝落叶层所覆盖，厚达4厘米至12厘米，各居群植株的根系基本都在枯枝落叶层内，极少与土壤接触。
云南黄连适宜生存的土壤黄壤或棕色森林土，富含腐殖质，偏酸性，由花岗岩、花岗片麻岩、片麻岩、砂页岩及粉砂质泥岩发育而成，土壤剖面发育好，枯枝落叶层较厚，分解良好，为沙壤至黏壤，粒状、核粒状结构，理化性能较好，自然肥力高。
云南黄连是滇西北高黎贡山地区最负盛名的药用植物之一。它始载于明朝兰茂的《滇南本草》，多为野生，质量好，但量也小，《清宫医案》将黄连列为极品。
真正野生的云南黄连居群已不多见，由于近些年来生态环境得到了有效保护，野生栽培的居群保持有相当的数量。黄连历史悠久的种植模式和存留的个体，是科学地进行保护和持续利用研究的重要线索和宝贵的种质资源。
云南黄连以小居群规模分布在狭小、呈片断化的特殊生境中，生态位极其狭窄，基本限于在温凉湿润的常绿阔叶林下陡坡生长。土壤和群落小气候因子对其自然分布起着至关重要的作用。云南黄连由于长期过度采挖和生境不断遭到破坏，野生居群已处于灭绝的边缘，在我国被列为濒危保护植物。按世界自然保护联盟濒危物种红色名录的濒危等级和标准，应将本种列为濒危一级。因为观察、估计或推测种群在过去的10年或3个世代内，致危因素没有停止，至少减少50％，虽未达到极危，但在可预见的不久将来，其野生状态下灭绝的概率极大。
云南黄连药材名“云连”，为黄连中的上品，极为珍贵。为了保存其种质资源，免于绝灭，应加强保护。其产地福贡、碧江、贡山已被划为怒江自然保护区，保山、腾冲、泸水三县已划为高黎贡山自然保护区，将本种列为保护对象并繁殖栽培。
拓展阅读
相传，很久以前，有一名叫黄连的人暗恋村子里陶医生的女儿幺女。有一天，陶幺女在山坡上发现一种野草，便顺手拔起带回家种在园子里。黄连见了每天帮她照顾这花草。第二年夏天，陶医生外出治病，陶幺女生病了，不知道怎么办才好。黄连知道了便把院子里的草熬成汤药给陶幺女喝。陶幺女喝下这野草汤后，病竟然好了。她对黄连说：“这是一味好药，就是太苦了。”暗恋着陶幺女的黄连见恋人全然不知自己的心思，黯然神伤。后来，黄连一病而死。临终前，陶幺女才知道了他的心思。为了纪念他，人们便把这种清热解毒、味道苦涩的中草药称为“黄连”。
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