微生物的分类单元

微生物的主要分类单位，依次为界（kingdom）、门（phylum或division）、纲（class）、目（or-der）、科（fami1y）、属（genus）、种（species）。其中种是最基本的分类单位。具有完全或极多相同特点的有机体构成同种。性质相似、相互有关的各种组成属。相近似的属合并为科。近似的科合并为目。近似的目归纳为纲。综合各纲成为门。由此构成一个完整的分类系统。以下以柠檬浮霉状菌为例加以说明。

界：原核生物界（Procaryotae）

门：缺壁菌门（Wall-less Forms）

纲：浮霉菌纲（Planctomycetacia）

目：浮霉状菌目（Planctomyc et ales）

科：浮霉状菌科（Planctomycetaceae）

属：浮霉状菌属（Planctomyces）

种：柠檬浮霉状菌（Planctomyces citreus）

另外，每个分类单位都有亚级，即在两个主要分类单位之间，可添加“亚门”、“亚纲”、“亚目”、“亚科”等次要分类单位。在种以下还可以分为亚种、变种、型、菌株等。

属是科与种之间的分类单元，通常包含具有某些共同特征和关系密切的种。Goodfellow和O＇Donnell（1993）提出DNA的（G＋C）mol％差异≤10％ ～12％及16SrRNA的序列同源性≥95％的种可归为同一属。

种（species） 关于微生物“种”的概念，各个分类学家的看法不一，例如伯杰氏（Bergey）给种的定义是：“凡是与典型培养菌密切相同的其他培养菌统一起来，区分成为细菌的一个种。”因此，它是以某个“标准菌株”为代表的十分类似的菌株的总体。种是以群体形式存在的。种有着不同的定义，在微生物学中较常见的有生物学种（biological species，BS），进化种（evolu-tionary species，ES）和系统发育种（phylogenetic species，PS）等不同的物种概念。

1986年斯坦尔（Stanier）给种下了定义：“一个种是由一群具有高度表型相似性的个体组成，并与其他具有相似特征的类群存在明显的差异。”但这个定义仍无量化标准。1987年，国际细菌分类委员会颁布，DNA同源性≥70％ ，而且其ΔTm≤5℃的菌群为一个种，并且其表型特征应与这个定义相一致。1994年Embley和Stackebrandt认为当16SrRNA的序列同源性≥97％时可认为是一个种。

实际上，种有着不同的定义，在微生物学中较常见有生物学种（biological species，BS）、进化种（evolutionary species，ES）和系统发育种（phylogenetic species，PS）等不同的物种概念。

亚种（subspecies） 在种内，有些菌株如果在遗传特性上关系密切，而且在表型上存在较小的某些差异，一个种可分为两个或两个以上小的分类单位，称为亚种。它们是细菌分类中具有正式分类地位的最低等级。根据ΔTm值在DNA杂交中的频率分布，有些证据表明，亚种的概念在系统发育上是有效的，而且能与亚种以下的变种概念相区别。后者仅是依据所选择的“实用”属性而决定，并不被DNA组成所证明。

亚种以下的分类等级通常表示能用某些特殊的特征加以区别的菌株类群。例如，在细菌分类中，以生物变型（biovar）表示特殊的生化或生理特征，血清变型（serovar）表示抗原结构的不同，致病变型（pathovar）表示某些寄主的专一致病性，噬菌变型（phagovar）表示对噬菌体的特异性反应，形态变型（morphovar）表示特殊的形态特征。

菌株或品系（strain）这是微生物学中常碰到的一个名词，它主要是指同种微生物不同来源的纯培养物。从自然界分离纯化所得到的纯培养的后代，经过鉴定属于某个种，但由于来自不同的地区、土壤和其他生活环境，它们总会出现一些细微的差异。这些单个分离物的纯培养的后代称为菌株。菌株常以数目、字母、人名或地名表示。那些得到分离纯化而未经鉴定的纯培养的后代则称为分离物。

微生物学中还常常用到“群”这个词，这只是为了科研或鉴定工作方便，首先按其形态或结合少量的生理生化、生态学特征，将近似的种和介于种间的菌株归纳为若干个类群。如为了筛选抗生素工作的方便，中国科学院微生物研究所根据形态和培养特征，把放线菌中的链霉菌属归纳为12个类群。

微生物分类各级单元所用的后缀见表14-1。

表14-1 微生物分类各级单元拉丁学名后缀