达尔文的进化论被誉为19世纪最伟大的科学发现之一。百余年来，进化论逐步确立了牢固的地位。那么，以上这套由历史学家、考古学家、生物学家、哲学家共同辛辛苦苦建立起来的体系，它真的牢固吗？
对达尔文进化论的反对主要来自三个方面：哲学家们以进化论作为一种理论的地位表示担心；宗教原教旨主义者反对进化论，是由于进化论否认基督教《圣经》对生命起源的解释；若干生物学家认为，他们所掌握的事实不适用进化模式。那么，这些质疑真的是传统科学家所斥责的伪科学吗？
进化论有三大经典证据：比较解剖学、古生物学和胚胎发育的重演律。可近年来的研究使得它们相继瓦解了。
比较解剖学，暴露了进化论的逻辑错误——循环论证。
科学上，如果一个理论的证明违背逻辑，这个理论就不能成立，但是人们对进化论的逻辑错误却没有深纠，因为深纠起来，它就没有证据可言了。例如用比较解剖学来论证进化，形象地说就是：“如果人是猿进化来的，人和猿就会有许多相近的特征；因为人和猿有许多近似之处，所以人就是猿进化来的。”从逻辑学的角度讲，这种循环论证毫无意义。这种似是而非的“证明”贯穿于进化论所有的证据之中。人们盲从地接受了它。
以同源器官为例。进化论者通过动物的器官在形态和功能方面的类比，确定了所谓的同源器官，并由此说明，在进化树中某一谱系的动物，该器官在进化中发生的形态与功能的变化是自然选择的结果。单单同源器官的定义就非常牵强，你必须首先承认动物是进化的，才能找到同源器官，而不能说同源器官的存在证明进化的存在。
胚胎发育重演律，逻辑上不能立足，理论上禁不起推敲，事实上是一个观察错误。
1866年，德国的海克尔（Haeckel）提出了重演律，认为高等生物胚胎发育会重现该物种进化的过程。在进化论刚刚奠基的时代，重演律立即成为进化论最有利的“证据”之一。
现代学者证明了重演律是一个观察错误。德国人类胚胎学家布莱赫施密特（Erich Blechschmidt）所著的《人的生命之始》（The Beginnings of Human Life）一书中，以详尽的资料证明人的胎儿开始就都是人的结构，而不是所谓的“重演了生物的进化”。例如，胎儿早期出现的像鱼一样的鳃裂，实际是胎儿脸上的皱褶，完全是人脸的结构，却被重演律支持者硬说成是鳃裂；胎儿发育到9毫米左右时，身体下端的突起好似一条尾巴，其实没有任何尾巴的结构特征，那是一条中空的神经管，它发育较快，向阻力小的方向生长，暂时向末端突出，很快便会平复。而且它是有重要作用的，根本就不是所谓的残迹器官。
其实，重演律是在生物学还很不发达的时候提出的假说，随着遗传学的出现和分子生物学的发展，特别是对基因的深入研究，重演论失去了理论依据。现在公认基因突变是进化的原因。既然过去的基因已经突变成新基因了，怎么还重现过去的特征呢？就重演律本身，古生物学家古尔德也指出了该理论的致命缺陷，他说：“假如祖先的成体特征变成后裔的幼体特征，那么到了后裔个体发育结束时，发育一定要加快，好为新增加的特征留出位置。随着1990年孟德尔遗传学的重新发现，整个重演理论也随之崩溃。”
在古生物学上，至今没有找到确凿的证据——进化中的过渡类型。如果进化存在，必然存在进化过程中物种之间的过渡类型，否则进化就是谬论。
无论是进化论者还是反进化论者，都希望古生物化石能辅证自己的观点。假如进化存在，过渡类型化石就应该很容易找到，为什么没有呢？大家沿用达尔文的解释：化石记录不完全。可化石的形成是普遍和随机的，为什么单单漏掉了过渡类型呢？
进化过程中确凿的过渡类型，严格地讲并没有发现。某些化石的缺环相当惊人，它不是以几万年、几十万年计，而是以几百万年计。进化论常用马的进化来说明问题，从始祖马到现代马过渡类型有好几个，可是列举的那几个过渡化石平均间隔500万—3000万年，还是没有过渡类型。
人的进化颇具代表性。在从猿到人的问题上，科学家们发现了一些化石，归类为古猿、类人猿、猿人、智人，唯独没有类猿人。寻找过渡物种类猿人，被列入了科学的十大悬案。数次宣布的人类始祖，很快就被否定了。例如1892年发现的人和猿之间的过渡化石嘉伯人，是一块猿的头骨和相距12米的一根人的腿骨拼凑出来的，1984年新发现的猿人化石露茜，被确定了是一种绝种的猿——南方古猿，和人无关。6具始祖鸟化石的相继问世，轰动了世界，成为鸟类和爬行动物之间过渡物种的典范。后来鉴定出5具是人造的，剩下的1具坚决拒绝任何鉴定。而教科书中，对始祖鸟和露茜还是不予更正，公众也就不知真相了。
总的来说，化石的证据对进化论的观点是非常不利的。在地质和古生物学界，把寒武纪早期（约5.7亿年前）作为隐生宇和显生宇的分界。因为在寒武纪之前的地层几乎找不到生物的化石，而寒武纪早期，几十个门（Phylum）的动物化石突然同时出现，被称之为寒武纪生命大爆炸。这是进化论无法解释的。
100多年来，以地质学、地理学、放射性化学、比较解剖学等学科为基础，古生物学发展起来。进化论者根据化石的历史年代，勾勒出一幅生命由简单到复杂，随年代出现的进化时间表；通过类比化石，描绘出一个生物由低等向高等发展的进化树。学者们根据当时很有限的化石资料，搭起了进化时间表的框架，认为以后的发现都能填入其中，最多也只是稍做修补，使进化论更加完善充实。然而，时至今天，面对许许多多新的事实，这种修改终于到了再也无法进行下去的地步。
下表左面是经典的进化时间表，右面是那些无法解释的事实。
进化时间表
大量史前文明遗迹的相继发现，使人们不得不重新审视进化论这一类假说。考古学家克莱默和汤姆森（Michael A.Cremo & Richard Thompson）在《考古学禁区》（Forbidden Archeology）一书中，列举了500个确凿的事例，那是几万、几十万、百万、几万以至几十亿年前的人类文明遗迹，这些都曾是进化论回避的对象。
达尔文在《物种起源》中论及化石时，标题为“不完美的地质记录”。他看到了进化论的先天缺陷，并希望后人能予以验证。但是时至今日，进化论已成为一个公理、一个信仰，甚至一个宗教。不能讨论，更不能批判，只能无条件接受，否则就将招致无情的围剿，甚至被贴上伪科学、反科学的标签而断送自己的研究前程。
在当今任何一本生物学杂志上，已经找不到任何质疑进化论的论文了。斯科（Scott）和柯尔（Cole）在20世纪80年代初，检索了当时的4000多种学术刊物，未发现任何一篇反进化论的论文，在68种与生物起源有关的学术期刊中，也未发现任何一篇是质疑进化论的。乔治·W.克里斯特（George W. Gilchrisi）在1997年调查了世界上最大的五种期刊数据索引，也未发现反进化论或非进化论的论文。
进化论已是绝对真理了吗？其实不然，斯科和柯尔的工作还发现，在1985年提交的135000篇论文中，确有18篇论文是反进化论的和支持非进化论的。而这18篇论文无一例外地遭到拒绝发表。进化论并非无懈可击，而是它的维护者不允许任何针对它的挑战。
与此同时，对于得出与进化论不同结论的科学家，也遭到不公平的待遇。1966年，墨西哥的霍亚勒克出土了一批铁矛，美国地质学家麦金泰尔博士（Dr. McIntyre）鉴定铁矛的年代为距今25万年。然而，这些惊人的发现很快被莫名其妙地“淡忘”了。违背进化论的结果实在让科学界无法接受，麦金泰尔从此失去了在相关领域里工作的一切机会。已故的考古学家阿曼塔也遭遇了类似的命运。在鉴定墨西哥的普瑞拉瓦城发现的一块残破的铁矛矛头是26万年前的武器时，很快招来了权威们不做任何调查的批判，他的事业也从此被扼杀了。
这类故事还有不少。少数人的权威言论，代替了公众的思考。公众很难了解实际情况，只有无条件接受权威的观点——科学在这里成了一种信仰。
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