当印度河流域文明被发现的消息传遍世界时，各地的学者都开始探索一个最基本的问题：到底是谁创造了这一高度发达的文明？
在哈拉巴和摩亨佐·达罗遗址中，人们发现了来自两河流域的物品。在这之前，同样处在两河流域的巴比伦和西亚也发现了并非当地出产的印章和陶器、石珠，当时人们并不知道这些东西是从哪里来的。现在，出土文物把南亚和西亚两个相隔千里的文明联系在一起。
考古学家麦克唐奈尔则认为，从时间上看，苏美尔文明比印度河流域文明要提早1000年，而且苏美尔文明曾经有向其他地区扩张的历史，因此他断言，印度河流域文明应该是从两河流域传人的，创始人是苏美尔人。
有些语言学家也通过对文字符号的研究，判定两地的文字是属同一个语系的，从而更加强了苏美尔人创造印度河流域文明的权威性。甚至还有人把这一文明的传播始末过程也勾勒出来：在约公元前3000年左右，处于两河流域南端的苏美尔人就已创造了高度发展的农业文明，那些富有的人们用粘土做成刻有自己家庭地位和身分标记的印章，盖在属于自己的粮、油、酒等的贮存容器上，接着奴隶出现并大量增加，于是城邦国家产生了。出于对财富和人口土地掠夺的需要，苏美尔人开始向东方扩张，其中一部分人从海路或陆路来到印度河流域，把这块肥沃的土地变成了殖民地，而当地人就成为了他们的奴隶。而苏美尔人也把自己的文明传播到这里，以后就渐渐改变了原有的特色，成为与两河流域文明有联系又有差别的文明。
这种说法似乎很有说服力，但在刚提出时就遭到许多人的批评。美国探险家赫尔不无调侃地说，为什么一定要说文明是从苏美尔传到印度河的，难道就不存在完全相反的可能吗？也许印度河流域文明才是两河流域文明之母，苏美尔文明是印度人创造的呢！
20世纪30年代以后，在两河流域又出土了更多的印度河流域印章和其他物品，而且对楔形文字的释读也让人们了解在这两个地区长期存在着商业往来。在两地都发现了有明显差异的来自对方的物品，这就只能说明它们是两个各自独立的文明体系。
几乎就在上述观点被提出的同时，另有几位英国考古学家提出是雅利安人创造了这一文明的说法。塞·兰顿和G·罕特认为，印度河流域出土的印章文字和后来的吠陀梵文文字有着直接的承袭关系，从而创造吠陀文明的雅利安人就是印度河流域文明的创造者。
但是当真的有学者试图用释读梵文的方法来释读印章文字时，却失败了。通过碳14等科学手段对出土器物的测定年代也表明，早在雅利安人进入次大陆之前的近千年，印度河流域文明就已衰落了，雅利安人绝不可能是这一文明的创造者。
另外，雅利安人的生活方式与印度河流域居民也有很多差异。雅利安人是游牧民族，马在他们的社会生活中起着十分重要的作用，吠陀文献中就多次提到马。可是在印度河流域出土的印章上几乎看不到马的踪迹。雅利安人不吃鱼，而印度河流域居民却很喜欢吃鱼，捕鱼钓鱼是他们重要的生产活动。
而与上面两种观点截然不同的是，许多学者认为印度河流域文明是土生土长的，其创造者当然就应该是当地的土著居民，但这里又出现了一个问题，谁是印度的土著居民？一些英国和印度的学者认为，达罗毗荼人可能就是印度河流域最早的土著居民，他们皮肤颜色较深，鼻子扁平，说着达罗毗荼方言。严格地说，他们最早的家园也不是印度河流域，但他们肯定很早就定居在这里，并创造出了从新石器时代向铜器青铜器时代过渡的文明。越来越多的考古发现特别是对文字的释读，也提供了更多的证据来支持这一观点。
然而问题并没有真正解决，当最先进的生物科学技术参与到这一问题的研究中来时，又有新的观点出现了。在摩亨佐·达罗的遗址中前后又发掘出十多具古人遗骸，科学家在对这些骨骸进行分析后发现，他们不属于单一的种族，而是包括原始澳大利亚人种、地中海人种、蒙古人种等各种种族。于是有人提出，创造印度河流域文明的并不是某个单一种族，除了达罗毗荼人之外，原始澳大利亚人、蒙古人等也参与了该文明的创造。随着对这一时期文字的释读，学者们所提出的文明创造者的名单又进一步扩大，加上了布拉灰人、帕尼人、阿修罗人、乌拉提亚人、瓦黑卡人、那迦人等。
这种众说纷纭的状态一直延续到今天。虽然人们更多地倾向于后两种观点，但即便在后面的观点中也依然还存在着许多未知因素。看来关于谁创造了这一文明的问题还会长期探索争论下去，真正的谜底还没有解开。
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