一、行政处罚适用的一般原则
行政处罚的适用是指行政机关对违反行政法律规范应当受到行政处罚的当事人给予行政处罚的行为。《行政处罚法》第23条、第24条分别规定了两项具体的适用原则。
（一）处罚与纠正违法行为相结合原则
《行政处罚法》第23条规定：“行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。”这一规定确立了处罚与纠正违法行为相结合原则。这一原则当然也适用于海洋行政处罚。据此，《海上海事行政处罚规定》第9条明确规定：“海事管理机构实施海事行政处罚时，应当责令当事人改正或限期改正海事行政违法行为。”
（二）一事不再罚原则
《行政处罚法》第24条规定：“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。”《海上海事行政处罚规定》第11条第4款则进一步规定：“有海事行政违法行为的中国籍船舶和船员在境外已经受到海事行政处罚的，不得重复给予海事行政处罚。”
二、海洋行政处罚的具体适用
为规范海洋行政执法行为，保证中国海监各级机构裁量权的行使正确、公平、公正和公开，根据《中华人民共和国行政处罚法》、《海洋行政处罚实施办法》等有关法律、法规和规章的规定，2006年5月26日，中国海监总队发布《关于进一步规范海洋行政处罚裁量权行使的若干意见》，就海洋行政处罚裁量权行使提出指导意见：
（一）行使海洋行政处罚裁量权应遵循的基本原则
海洋行政处罚裁量权，是指中国海监各级机构在实施海洋行政处罚时，在海洋法律、法规或规章规定的范围内合理适用处罚种类或处罚幅度的权限。中国海监各级机构在行使行政处罚裁量权时应遵循以下基本原则：
1.中国海监机构在实施海洋行政处罚时，应当坚持合法、公正、公开、过罚相当、处罚和教育相结合的原则，切实维护海洋行政管理秩序，保护公民、法人和其他组织的合法权益。
2.中国海监机构实施海洋行政处罚，必须以事实为依据、以法律为准绳，在行使裁量权时应当考虑违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度等，作出的行政处罚要与违法行为相当。
3.中国海监机构对于违法行为事实、性质、情节以及社会危害程度相同或类似的同类案件，在实施处罚进行裁量时，适用的法律依据、处罚种类及处罚幅度应当基本相同。
（二）海洋行政处罚适用程度划分
海洋行政处罚适用在程度上可以分为免予、减轻、从轻、一般、从重五种情况。
免予处罚是指法律、法规所规定的法定事实存在，但依据法律、法规规定免予追究其法律责任而最终不适用行政处罚。减轻处罚是指在法定的处罚种类和处罚幅度最低限以下，对违法行为人适用行政处罚。从轻处罚是指在法定的种类和处罚幅度内，在几种可能的处罚方式内选择较轻的处罚种类或幅度的较低限。从重处罚是指在法定的种类和处罚幅度内，在几种可能的处罚方式内选择较重的处罚种类或幅度的较高限。以上情形之外的，属于一般处罚。
（三）海洋行政处罚种类的选择适用
实施海洋行政处罚在处罚种类的适用上，可以分为减轻处罚适用、从轻处罚适用和一般处罚适用。海洋管理法律、法规规定应当同时并处数个海洋行政处罚种类，最后酌情选择其中若干处罚种类（少于总数）进行处罚的，属于减轻处罚；海洋管理法律、法规规定可以选择并处数个海洋行政处罚种类，最后酌情选择其中若干处罚种类（少于总数）进行处罚的，属于从轻处罚；完全严格按照海洋管理法律、法规的规定进行数个海洋行政处罚种类并处的，属于一般处罚。
（四）海洋行政处罚幅度的选择适用
实施海洋行政处罚在处罚幅度的适用上，可以分为减轻、从轻、一般和从重。低于法定幅度下限的，属于减轻处罚；在法定幅度内，可以分为从轻处罚适用、一般处罚适用、从重处罚适用三档。
行政处罚幅度有倍数规定的，低于中间倍数的，属于从轻处罚；按照中间倍数的，属于一般处罚；高于中间倍数的，属于从重处罚。
行政处罚幅度有具体金额规定的，低于中间值的，属于从轻处罚；按照中间值的，属于一般处罚；高于中间值的，属于从重处罚。
（五）适用不同程度海洋行政处罚的情形
1.海洋违法行为轻微并及时纠正，没有造成危害后果的，免予行政处罚。
2.当事人具有以下情形的，应当依法从轻或者减轻行政处罚：（1）当事人主动消除或者减轻海洋违法行为危害后果的，如及时退还非法占用的海域、积极恢复海域原状，及时采取措施清理污染、排除危害、对海洋环境和生态进行补救等；（2）受他人胁迫而实施海洋违法行为的；（3）配合海洋行政主管部门及其所属中国海监机构查处违法行为有立功表现的，如积极配合调查取证，主动提供涉案材料和有关线索，坦白自身违法事实或揭发、检举其他违法行为等；（4）主动纠正自己的违法行为，积极服从海洋行政主管部门及其所属中国海监机构管理、监督的；（5）海洋管理法律、法规和规章规定的其他可以从轻和减轻行政处罚的情形。
3.当事人具有下列情形之一的，可以从重处罚：（1）违法行为被行政处罚后，再次发生同类违法行为的；（2）违法行为严重损害国家和社会公共利益的；如非法占用海域面积巨大，违法行为对当地海洋资源和环境造成重大影响和危害等；（3）违法行为对他人造成严重的人身损害和重大财产损失的；（4）不服从、抗拒或阻挠海洋行政主管部门及其所属中国海监机构管理、监督的；（5）海洋管理法律、法规和规章规定的其他应从重处罚的。
4.同时具有两个或两个以上从轻情节，并且不具有从重情节或法定严重情节的，可按最少、最轻处罚种类或最低处罚幅度予以处罚。同时具有两个或两个以上从重情节，并且不具有从轻或减轻情节的，可按最多、最重处罚种类或最高处罚幅度予以处罚。同时具有一个或多个减轻、从轻、从重情节的，应当综合考虑，根据其主要情节作出具体处罚决定。不具备上述免予、减轻、从轻、从重情节的，或同时具备减轻、从轻情节与从重情节并相抵消的，适用一般行政处罚。
（六）海洋行政处罚裁量权行使程序
海洋行政处罚裁量权的行使应严格履行程序，避免个人独断和偏见。案件调查终结后，办案人员应在案件调查终结报告中明确提出拟处罚的种类和幅度以及相应的具体理由。其免予、减轻、从轻、从重情节，都必须有证据材料和法律依据予以说明。办案部门负责人应当将以上情节与对应的处罚种类和幅度相对照，严格审核、认真酌定。
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