宪法问题研究会虽然于1976年解散，但其影响力一直延续到20世纪80年代初期。20世纪80年来以来的知识分子护宪团体也在组织方式、活动内容乃至定位宗旨上自觉或不自觉地继承了宪法问题研究会。然而，到21世纪初[30]，从几个较有影响力的知识分子护宪团体的情况看，知识分子护宪思想已经发生了比较明显的变化，宪法问题研究会强调民主的护宪思想并没有被延续。
成立于1965年4月的“全国宪法研究会”[31]在宪法问题研究会解散后延续了每年5月3日的宪法纪念演讲会，常被视为宪法问题研究会的后继者。但与宪法问题研究会不同，全国宪法研究会从创立之初就缺乏基本一致的护宪理念，会中各种相当不同的观点共存，其中甚至不乏与改宪论相近的观点。20世纪90年代以来，全国宪法研究会的研究课题以基本人权与和平主义方面的内容居多，对“护宪”的理解停留在“明文改宪反对+非武装和平主义”[32]的层面上，而有关国民主权的问题则很少被关注。2000年之后，“民主”虽频频成为其研讨会的关键词，但多被等同于“多数决”而当作立宪主义的对立面，并不具有宪法问题研究会时代的指导性意义。全国宪法研究会虽自成立时起就在规约中规定了“在拥护以和平、民主、人权为基本原理的日本国宪法的立场上开展学术研究”（第一条）、“在适当时发表意见”（第二条—三）[33]，但更多的是将自身定位为学术研究组织，避免以学会的名义对政治问题发表意见。1999年3月、2001年11月，全国宪法研究会曾以“有志研究者”的名义发表过《对周边事态法等表示忧虑的宪法研究者声明》《对修改反恐特别措施法·自卫队法表示忧虑的宪法研究者声明》，署名者分别为223名和231名。但学会内部存在强烈的反对意见，认为作为内部意见多样的学术研究组织，以学会名义发表声明不适当、是政治利用。[34]此后学会未再发表过相关声明。
另一个重要的知识分子护宪团体——“民主主义科学者协会法律部会”[35]在形式上延续了民科时代的“民主”号召，但对“民主”含义的解释发生了变化：“所谓民主主义并非狭义的概念，在国民主权之外，还含有重视和平主义或基本人权保障等现行宪法基本价值的意味。”[36]从表面上看，这种理解扩展了民主的含义。但实际上，这也说明民科法律部会并未像宪法问题研究会那样强调国民主权原则对于和平与宪法本身的基础性意义。在这一阶段，该组织的声明也多是强调和平主义与基本人权保障的内容，而对国民主权的强调则相对薄弱。
在这一期间的知识分子护宪团体中，形式上与宪法问题研究会最接近的是2001年9月成立的“宪法再生论坛”[37]。该组织也是由各领域著名学者发起，成员限定在40人左右，其目标也是通过非政治性的研究活动影响宪法问题的发展，活动也以演讲会和出版活动为主，作为重要的知识分子护宪团体受到了媒体的关注。但是，宪法再生论坛在思想上与宪法问题研究会存在着距离。首先，其成立动机并非抗议政府在国会中设置宪法调查会（1999年）等违反民意的举动，而是在“9·11”事件的背景下，号召“超越暴力的循环”[38]。其次，宪法再生论坛的学者认为，“日本国宪法所依据的的原则……在国内是民主主义……对外最重要的是第九条”[39]。也就是说，他们指出了民主与和平主义的价值，但并未强调国民主权对于避免战争的意义。2004年6月，旨在发扬第九条精神、联络各界拥护第九条人士的组织“九条会”[40]宣告成立，其发起人和事务局重要成员中有许多都是宪法再生论坛的成员。宪法再生论坛作为学者的研究团体继续存在，但近几年活动已逐渐减少。而九条会则以“争取‘保卫第九条’的过半数舆论”[41]为目标，并不将成员仅限于知识分子，只要赞成日本宪法第九条的旨趣，不论思想、信仰、政治立场如何都可以参加。这两个团体有着不同的存在方式，但相对而言都更加强调和平主义而非国民主权的思想。
从以上团体的思想可以看到，现有研究中“和平主义衰退”的说法在知识分子护宪运动中实际是不成立的，相反，在这一时期，和平主义已经取代民主思想成为知识分子护宪思想的主流，而宪法问题研究会时代所倡导的国民主权的精神并没有得到发扬。这实际上也正是知识分子护宪团体影响力衰退的思想原因。20世纪90年代以来，日本政府积极推进改宪，在国会中设立宪法调查会，并在未进行充分讨论的情况下对《国民投票法》《教育基本法》等法案进行强行表决，其违反民意、践踏国民主权原则的行为比20世纪六七十年代有过之而无不及。然而，以和平主义为主要诉求的知识分子护宪团体未能像宪法问题研究会那样对侵害国民主权的改宪进程进行有效批判和斗争。
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