预防为主，综合防治，这是辣椒病虫害防治的基本原则。在选择优质抗病品种、实行轮作、深耕、施腐熟的粪肥等前提下，协调应用物理防治、生物防治和化学防治措施。在化学防治时，科学合理地选用高效、低毒、低残留及对天敌杀伤力小的化学农药，并合理地控制农药的安全间隔期。结合辣椒生产过程中的各个环节，进行有的放矢的综合防治。
（1）品种选择：选用优质、高产、抗病、抗逆性强、适应性广、商品性好的辣椒品种。自行留种时，应选择健壮、无病虫害的辣椒留种。
（2）种子处理：用55℃温水浸泡30分钟，放入冷水中冷却，然后沥干，催芽播种。也可将种子用70℃恒温处理72小时或在竹制器具上晒3～4天。
防病毒病：用10％磷酸三钠溶液浸种20分钟，或福尔马林300倍液浸种30分钟，或1％高锰酸钾溶液浸种20分钟，捞出冲洗干净后催芽。防疫病、炭疽病：将种子在冷水中预浸10～12小时，再用1％硫酸铜溶液浸种5分钟，或用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时，或用72．2％普力克（霜霉威）800倍液浸种0．5小时，洗净后催芽。
（3）床土消毒：每平方米用福尔马林30～50毫升，加水3升喷洒床土，用薄膜密封苗床5天，揭膜后15天再播种。将5％多菌灵可湿性粉剂与50％福美双可湿性粉剂按1∶1混合，或50％甲霜灵可湿性粉剂与70％代森锌可湿性粉剂按9∶1混合，每平方米苗床用药8～10克，与15～30千克细土混合，播种时1／3铺在苗床中，2／3盖在种子上。
（4）定植前的病虫害综合防治：及时清除前茬作物的残株烂叶、病虫残体及杂草，并集中深埋或烧毁，以杀死病原菌和虫卵。在播种或定植前，将土壤深翻，利用太阳能将土壤高温消毒7天。
（5）定植后的病虫害综合防治：加强田间管理，使植株生长健壮，以增强其抗病虫能力，协调应用物理防治、生物防治和化学防治措施。提倡辣椒与水稻、大蒜、大葱、大白菜、甘蓝、豆类等作物实行3～4年轮作。注意清洁田园，及时拔除病虫株，摘除病叶、病果，带出田外烧毁或深埋。施足底肥，特别注重有机肥的施用，增施磷、钾肥。地膜覆盖高畦栽培，合理密植。6～8月应注意排水防渍，排灌结合。选择高效、低毒、低残留及对天敌杀伤力小的农药品种，优先使用生物农药。采取科学的用药方法，选择最佳的用药时期，减少用药次数，注意药剂的交替应用，合理混用，防止病菌和害虫产生抗性。
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