云南的湖泊全部分布在海拔1000米以上的高原地区。湖泊总面积1164平方千米，总蓄水量290亿立方米。其特点是分布海拔高，金沙江、红河、南盘江水系的分水岭高原部分湖泊最为发达。主要分为滇东湖群、滇中湖群、滇西湖群。
云南的湖泊多属断陷湖泊。主要因断层陷落而形成。具有形状狭长、岸陡、底部较平等特点，水深多在20米以内。小型湖泊有溶蚀湖、冰蚀湖、火山口湖。溶蚀湖多分布于滇东喀斯特高原地区，湖泊面积普遍较小，且多以湖泊群出现，湖水面积因降雨量的多寡而有所变化。冰蚀湖是因冰川作用下冰蚀洼地形成的，多分布于滇西、滇西北高山顶部，具有面积小、有一定深度、湖水清澈、终年不干涸等特点。
云南现存较大（面积大于1平方千米）的湖泊主要有：滇池、洱海、抚仙湖、程海、泸沽湖、杞麓湖、异龙湖、阳宗海等27个。其中，面积最大的湖泊是滇池，309平方千米；最深的湖泊是抚仙湖，最深处达159米；海拔最高的湖泊是德钦的那措海，高达4960米；湖水透明度最高的湖泊是泸沽湖，透明度达12米。
云南的湖泊，按其汇流水系，可分为金沙江水系、澜沧江水系、红河水系、南盘江水系。这些湖泊清丽秀美，湖岸多山峦起伏，陡峭雄伟，湖光山色相映成趣，加之花木繁茂，气候宜人，已成为度假休闲、生态旅游的胜地。
从20世纪90年代中期起，云南省开展了以滇池为重点的“九大高原湖泊”生态治理工程，先后在大山包、洱海、会泽等8处湿地实施了湿地保护与恢复工程，建立湿地恢复示范区近2000公顷。截至2014年，云南省建立各级湿地类型自然保护区17处，元阳梯田、洱海西湖、丘北普者黑等4个国家湿地公园进入试点建设阶段。昭通大山包、迪庆碧塔海和纳帕海、丽江拉市海被列入国家重要湿地名录。
抚仙湖（玉溪）
星云湖
泸沽湖远眺（丽江）
普者黑之夏
老君山（丽江）
异龙湖（石屏
碧塔海（迪庆）
属都湖之春（迪庆）
属都湖秋色（迪庆）
凯邦亚湖（盈江）
湿地
湿地即常年积水和过湿的土地，是位于陆生和水生生态系统之间的过渡性地带。湿地广泛分布于世界各地，拥有众多野生动植物资源，是重要的生态系统类型之一。很多珍稀水禽的繁殖和迁徙离不开湿地，因此湿地被称为“鸟类的乐园”。湿地是地球上一种重要的、独特的、多功能的生态系统，在全球生态平衡中扮演着极其重要的角色，有着“地球之肾”的美名。
根据2014年公布的云南省第二次湿地资源调查结果，云南湿地总面积56.35 万公顷，占全省国土总面积的1.47%，自然湿地总面积占全省国土总面积的1.02%，自然湿地总面积占全省湿地总面积的69.67%。调查范围内发现湿地植被型2 个，湿地植物群系189个。记录到湿地高等植物2274种，其中，国家重点保护野生植物12 种，云南特有植物116种。记录到湿地脊椎动物1006种，其中，国家重点保护野生动物67种，云南特有种237种。云南被列为国际重要湿地的有4处，即碧塔海湿地、纳帕海湿地、拉市海湿地、大山包湿地；被列入国家重要湿地名录的有11处，即滇池湿地、抚仙湖湿地、异龙湖湿地、洱海湿地、拉市海湿地、泸沽湖湿地、碧塔海湿地、纳帕海湿地、大山包湿地、会泽黑颈鹤栖息区湿地、程海湿地。
滇池湿地（昆明）
依拉草原（迪庆）
“老虎嘴”
律动的田野
五彩梯田（元阳）
红河哈尼梯田国家湿地公园
该湿地公园位于红河哈尼族彝族自治州元阳、红河、金平、绿春4县，共有8个片区。地理位置为东经102°20′44″～103°14′50″、北纬22°47′59″～23°17′49″。最高海拔2186.8米，最低海拔633.6米。2007年11月15日，被国家林业局批准为国家湿地公园试点，是云南省首个国家湿地公园，总面积13011.57公顷，占红河哈尼梯田总面积的23.8%。2010年被联合国粮农组织批准为全球重要农业文化遗产。2013年6月被列入世界文化遗产名录。
元阳蘑菇房
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