但是我们似乎还有一些怀疑：由原子构成的持久性结构，除了分子之外，就没有其他的了吗？举个例子，比如在坟墓底下掩埋着具有千年历史的一枚金币，它上面的人像难道不是安然无恙地保留着吗？毫无疑问，这枚金币的材质确实是由原子构成的，但是我们一定不会把人像的完整保存归因于数字理论方面的统计。同样的道理，对于深藏在岩石中经历数个地质年代的纯净水晶，也同样是适用的。
实际上，分子、固体、晶体这样的单独物质个体并没有真正意义上的差别，而且从现代科学知识的角度看，它们的本质是完全相同的。然而，学校里的教科书似乎还在传播过时已久的观念，模糊人们的认知，这真是一件不幸的事情。
学校教科书里关于分子的知识，忽视了分子与固态物质的相似度比和液态或气态物质的相似度更为接近。相反，教科书传递给我们的却是确定物理变化和化学变化之间的区别；像熔化或蒸发这样的物理变化，分子在整个变化过程中是保持不变的。比如固体、液体或气体的酒精，不论是何种形态，它们总是由相同的分子C2H5OH组成的；而化学变化如酒精的燃烧：
C2H5OH+3O2=2CO2+3H2O，在这里，1个酒精分子同3个氧分子作用，经过原子重新排列生成了2个二氧化碳分子和3个水分子。
关于晶体，教科书的大部分内容只是告诉我们它是一种周期性的空间三维方向的堆叠晶格。单个分子的结构在晶体里有时是可以分辨出来的，例如酒精和许多有机化合物；而在其他一些晶体中，例如氯化钠，其分子则没有办法明确区分，因为每一个钠原子被六个氯原子包围，并且十分整齐对称。因此，无论把哪一对钠氯原子看做是氯化钠分子，都是可以的。
另外我们还知道，一个固体可以是晶体，也可以不是晶体。我们把不是晶体的固体称为无定形固体。
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