从《理惑论·序传》可知，牟子早年熟习儒家经传，后又兼研《老子》及其余诸子学说，而最终“锐志于佛道”。可以说，牟子乃是中国思想史上最早的一位由儒而道、而佛的学者。牟子本人已明显地表现出了融会儒、道、佛三家思想的倾向。这在中国思想史上具有典型意义。后世所谓“三教合一”、“三教同源”的思想，可以说就导源于此。
从《理惑论》也可以看出三教关系、特别是儒与佛、佛与道之间的对立统一关系。先看儒佛关系。牟子由对儒家之书“靡不好之”，转而“锐志于佛道”，成为虔诚的佛教徒，足见佛教尽管才传入中土不久，但已深深影响、渗透到儒家思想领域，并给予儒家以相当的冲击。另一方面，面对佛教的冲击，儒教进行多方抵制和排斥佛教。这从《理惑论》问答中可以清楚地看出来。尽管这些问答不过是牟子本人的自问自答，但也反映了当时思想界(特别是儒学界)的实际情况。所谓汉末“世人学士多讥毁之”，主要就是指儒家学者对佛教的责难与抨击，他们批评佛教为夷狄之术，周孔不言，五经不载，背离孝道，乖违礼仪，以及沙门有污秽之行等等。牟子所提的这些责问深刻地影响了后世儒者。他们所据以批佛、反佛的思想方法，大抵不出这些责问的范围(从纲常伦理到夷夏之辩)。而牟子的回答方式有两种:一种是超越儒学立场，公开扬佛抑儒，又摆脱夷夏之防的局限，指出汉地不为天中，不应轻视夷狄。这些思想观念在当时历史条件下，可谓是一种崭新观念，难能可贵，具有思想解放的意义。另一种是调和儒佛关系，如说佛教不违孝道，而且是大仁大孝，儒佛皆主灵魂不灭说等等。这就把佛教说成是符合儒家文化精神。牟子主要是以儒家思想来论证儒佛的相通或一致之处。当然，也间或援引道家理论来论证。由此可见，从一开始儒家思想也深深地作用和影响着佛教。这是由中国的文化环境所决定的。再看佛道关系。如前文所述，佛教传入之初，先是被看做一种神仙方术，继而又被“道”化，与老子之道相提并论。这样，汉代佛教就与道家、道教结下了不解之缘。它们既相互影响、相互吸收，又相互排斥、相互斗争。牟子本人就是典型。在他的思想中，佛道既有统一的一面，又有对立的一面。他既兼研和赞美《老子》，利用老子之道来阐明佛理，但又否定道教的辟谷成仙之说，认为道教乖违老庄之旨。这一点深刻影响了后世不少佛教学者，他们对道家和道教也采取一种分别对待的态度。牟子对道教的批判，可谓开了佛、道之争的先河。[6]总而言之，《理惑论》揭开了儒道佛三教之间冲突与调和的序幕，在中国佛教思想史上具有划时代的重要意义。
对佛法东渐过程的回顾与研究，具有深刻的历史启示意义。早在民国时期，陈寅恪先生就曾明确指出，“窃疑中国自今日以后，即使能忠实输入北美或东欧之思想，其结局当亦等于玄奘唯识之学，在吾国思想史上，既不能居最高之地位，且亦终归于歇绝者。其真能于思想上自成系统，有所创获者，必须一方面吸收、输入外来之学说，一方面不忘本来民族之地位。此两种相反而适相成之态度，乃道教之真精神，新儒家之旧途径，而两千年吾民族与他民族思想接触史之所昭示者也。”[7]汤一介先生也指出，“佛教对中国说是一种外来思想文化，这种外来思想文化如何与中国传统思想文化相结合，如何从形式的依附于中国思想文化，到和中国传统思想文化的冲突明显化，而最后成为中国思想文化的一个部分，研究这个问题、研究它的发展过程，是很有意义的。”[8]汤先生还具体地提出了中国传统文化吸收、融合印度佛教文化的四点启示:第一，中国文化吸收印度文化经历了长达几百年的时间，这说明一种文化传统吸收和融合另一种外来文化决不是一朝一夕可以完成的。另外，这也表明对外来文化采取开放态度是一个民族文化有生命力的表现。如果原有文化是有生命力的，它就不会去拒绝外来文化，而是消化它，以便使自身得到更快更健康的发展。第二，通过对中国传统文化与印度文化接触后所产生的种种现象的分析，可以得到一个认识，即在外来文化传入后，如果我们能自觉地在它和原有文化之间寻找某些结合点，使外来文化较快、较好地适应所传入民族或国家发展的需要，就不仅会使原有文化得到丰富和发展，而且有可能改变原有文化的某些发展方面。第三，中国传统文化虽然吸收、融合了印度文化，但它本身的特性并没有改变，所以中国文化作为一种独立的文化系统一直存在着、发展着。这昭示我们中国传统文化今后能否健康发展，将取决于两个条件:一是它必须保持它的特性;二是必须敢于吸收外来文化，以适应现实社会生活发展的要求。第四，在印度文化传入中国后，从现象上看有一个阶段佛教在社会生活中的影响超过了中国传统文化，这种情形也许是两种不同传统文化在长期接触后某一阶段所必然出现的现象。但是，中国佛教宗派的发展方向不是让中国社会生活在精神上适应印度文化的要求，而相反佛教却朝着中国化的方向发展了。这样中国传统文化就完全取代佛教了。[9]应该说，汤一介先生所揭示的这四点历史启示是很有意义的。
当前，在所谓“经济全球化”和“文化全球化”背景下，“中国文化将如何发展”又被提到日程上来。如何反省和体认以儒道佛为核心的中国传统文化的基本价值，进行创造性转化，使之适应并引导当前的社会发展趋势，是我们必须面对的新课题。我们回顾和反省佛法东渐的历史过程，目的在于从中获取有益的历史启示。当然，近代以来的西学东渐和当今所面临的全球化过程远非古代佛法东渐那么单纯，其内涵与性质都要丰富而复杂得多。但两者总有一定的相同相通之处。我们应当而且能够从中获取宝贵的历史启示!
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