上述规则显然大部分与WTO的TRIPS规则存在着差异，专利（尤其是药品专利）、版权等知识产权范畴的扩大，保护的过度，将大大地束缚发展中国家经济发展的步伐，以及降低人民的福利水平。表现在：
（1）增加交易成本。20世纪的商业模式正在为互联网的发展而打破。搜索引擎、在线广告、网上交易商场等商业模式的出现，降低了商品的交易成本，给消费者和生产者带来了一定的剩余，为社会和经济创造了巨大的价值。但TPP的版权条款使得一些企业可能利用版权条款以反竞争的方式阻止新商业模式的竞争，由此增加用户的消费成本。智利非营利组织数字版权组织认为，签署这样一份有风险的协议将造成更多的成本，而不是收益，导致更高的价格，更少的市场准入。
（2）提高药品价格。药品专利范畴和保护的过度，强制性要求的广泛，使得药品垄断将变得更长、更广、更强。仿制药竞争以及低廉的价格将被推迟。患者将痛苦不堪，政府也将面临为新药技术付出更多的成本。美国捍卫公众利益组织批评道，TPP是贸易的“倒退”，将迫使消费者接受更高昂的医疗成本。“为了大型制药巨头（的利益），奥巴马政府羞耻地威逼（他国）的做法会导致亚洲和太平洋国家（民众）出现本可避免的痛苦和死亡。”马来西亚议员环境保护部的努尔·安瓦尔（NurulIzzahAnwar）也认为过度的专利保护带来的药品价格上升可能“对马来西亚人产生不利影响”。[3]
（3）形成技术垄断。为新用途的专利申请，缺少改善治疗效果的药品专利授权，临床实验数据，数据独占，几乎所有医疗、手术、诊断程序的强制专利，对专利侵权加强的损害赔偿，以及强制禁令等，使得制药企业基于知识产权的利益就能立即起诉竞争者。由此，这些条款保护了美国药品企业的垄断地位，阻碍了新技术的普及和传播。
（4）限制个人权利和言论自由。批评者认为这些条款无视了知识产权和创作共享。比如，维基解密主编朱利安·阿桑奇（JulianAssange）批评道：“如果这一体系最终得以制定，那么TPP的知识产权制度就将践踏个人权利和言论自由，蹂躏充满智慧和创造力的普通民众。无论你是阅读、写作、出版、思考、听歌听剧、跳舞、唱歌、发明，还是耕种、养殖或消费食品，无论你现在已然生病还是或许将来生病，TPP都已经将你牢牢锁定。”
（5）阻碍互联网自由和新兴技术发展。不仅将影响内容制作人和发行人，而且还将阻碍技术企业生产用于复制、存储、读取、使用和重新利用受版权保护内容的设备，并且威胁到用户借助数字技术以新手段使用内容的能力，给互联网自由和新兴技术造成的严重影响。为此，批评者们认为这将带来经济和社会代价。
（6）更多贸易纠纷产生。比如有关平行进口的限制，TRIPS第6条明确表明，该协议不涉及知识产权权利穷竭问题。也就是说，各国在知识产权权利问题上难以达成一致意见，协议采取回避态度，对该问题既不支持也不反对，将解决问题的权利留给各成员国。《多哈宣言》也确认了WTO成员享有的此项权利，因此平行进口（即专利所有人投放海外市场的药品，他人在未经专利所有人同意的情况下进口到本国市场。这种未经许可的进口与正式许可的进口品平行，被称为平行进口），本身不违反TRIPS。但是，TPP却要求缔约方作出严格规定，这种规定使得发展中国家很难以公共健康为由来支持平行进口。还有TPP的刑事法规过于严厉，超出了现有的美国法律标准，而美国正在设法将这些规则推行到其他自由贸易区的协定中。这些只会导致国际贸易争端的频繁，报复与反报复贸易战的出现。
由于参加谈判的12个成员国经济发展水平不一，多边讨价还价的结果是最后出台的文本成为一个折中文本，虽低于美方草案，但却高于其他自由贸易协定标准，在一些成员国争论不休的地方出现象“也可以”这样的灵活规定。不管怎么说，占世界经济比重逾40%的TPP成员国的知识产权协议的出台，将给药品、出版、专利和民主权利画出一个新的知识产权图景，并成为美国对后进入者要价的基础。
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