资产证券化运用的一个重要发展是在处理不良资产领域的运用。美国于1989年成立了清算信托公司(Resolution Trust Company，RTC)专门处理破产的储蓄贷款机构，包括将整个金融机构加以出卖或者是证券(从美国的政府债券到垃圾证券)的出卖，其他资产以整体贷款的形式出卖，但不是转向担保或者是通过大量出售的项目，购买者一般是投资银行或者是投资者，它们希望对这些资产获得管理性的控制。同时，清算信托公司发现通过这些方法出卖的资产最终都被买方进行重组而加以证券化了。1992年4月以后，直接证券化成为了清算信托公司处置资产最为经常使用的方式。
清算信托公司处置资产的证券化方式有三种:第一种是对于符合GNMA和FNMA标准的抵押资产，通过出卖给这些机构进行证券化。第二种是对于大部分资产清算信托公司以自己的名义发行CMO来进行证券化。这些证券一般都通过采用优先次级结构、过度担保或者由清算公司提供储备基金的方式来获得信用增级，清算公司保证损失控制在一定的限度内，如果超过这一限度则公司就以储备基金来加以补偿。客户的应收账款也是属于比较容易进行证券化的资产，清算公司的这种财产的证券化通常都能够获得AA级或者AAA级的信用。[15]第三种是对于商业抵押贷款的证券化处理。因为商业抵押贷款大量的都是个别贷款，每笔贷款合同的条款都不一样，使得每笔贷款相互之间的差别很大，这样就限制了贷款的同质性、可转让性、信用历史的技术发展问题和较难获得可以接受的多样性。尽管如此，清算信托公司依然可以将商业抵押贷款通过信用增级进行证券化，这些证券一般都能够获得AAA级到BBB级的评级。
此外，清算信托公司还要处理大量的不良资产——包括不能偿还的抵押贷款和不能及时偿还的贷款，它们需要拍卖或者重新谈判贷款条件，或者以及直接由清算信托公司以结构融资中的实质合并而采取拍卖所获得的不动产，这些财产都以适当的市场价格加以出售。
清算信托公司在处理资产过程中发展起来的资产证券化的方式具有广泛的适用性。在快速处理资产的同时，清算信托公司保留了对储备基金大量的利益以及对次级证券的权益，清算公司还通过与次级证券的投资者签订合同来共同分享出卖资产的利益。
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