要对公共政策做出全面和系统的评估，面临着重重困难与障碍，这突出的表现在以下六个方面：
（一）政策评估的不确定性
由于政策问题的复杂性和政策制定者的一些主观因素，使政策目标难免出现分散和不确定的情况，导致政策评估主要价值标准的选择和价值标准序列的排列出现混乱，从而给政策评估造成很大的困难。
2.多数政策都具有多重目标，有些目标之间还存在着矛盾；
3.在政策执行过程中，政策目标还有可能发生变化而被修正；
4.有时，决策者还有意用含糊的、不太确定的形式来表达政策目标，以此增加某种应变的能力。
（二）政策效果的不确定性
由于政策活动涉及面广、参与者多，政策执行后产生的影响往往涉及社会生活的方方面面，既有预期的影响，也有非预期的影响；既有显性的、一目了然的影响，也包括潜在的、不易感知的影响；既有短期的影响，也有长期的影响。可见，政策效果的多样性和影响的广泛性，再加上许多影响政策的因素难以测定，这就给评估带来了很大的困难。此外，政策效果的不确定性成为某些反对评估的人的借口，也为某些不科学的评估的出现创造了条件。例如，有些受局部利益影响的政策评估只从政策广泛影响中选取对本部门有利的因素进行评估，从而影响了评估的全面性和客观性。
（三）政策资源的混合和政策行为的重叠
政策资源的混合指的是投入不同政策的资源彼此纠结在一起，分不清某项资源的支出究竟属于哪一个政策，或某项政策的总投入到底是多少。政策资源的混合使政策的成本难以核定，而其“纯效果”更是无从测定。
政策行为的重叠指的是针对相同的或相似的政策问题和政策目标群体，不同的机构和部门都制定并执行各自的政策。各种不同的政策效果混杂在一起，很难将某项政策的实际效果从总体效果中区分出来。有时，由于缺乏沟通和协调，会造成政策之间的相互干扰，使得要区分每项政策各自的效果更为困难。
（四）政策行动与环境改变之间的因果关系不易确定
除了政策行动的影响外，实际社会情况的改变还会受到政策行动以外其他因素的影响，这就使得政策行动与环境改变之间的因果关系不易确定。一项政策效果的产生，可能不是政策行动本身带来的后果，而是受到政策环境或者其他因素的影响。
（五）评估信息和评估经费缺乏
获取真实而全面的第一手资料和各种数据，是进行政策评估的基础和前提。如果没有足够的统计资料和其他方面的信息，政策评估就成了无本之木、无源之水。在我国，政策信息工作还比较落后，许多政策机关不重视信息管理，信息收集系统尚未形成，政策评估所获得的数据往往是残缺不全、杂乱无章的。再加上一些抵制评估的工作人员拒绝提供关键性资料，这大大增加了政策评估的难度。
政策评估是一项复杂、系统的工作，需要投入相当的经费、设备和人力。但在现实中，评估工作及其价值尚未引起人们的足够重视和认同，很难指望人们从现实政策资源中拿出成本作为评估之用，政策评估常常处于经费短缺状态。即使有的政策机构愿意提供评估经费，他们也总是千方百计地试图影响评估的结论。因此，评估资料欠缺和评估经费不足始终是困扰政策评估的两大难题。
（六）有关机构和人员的抵制
所有政策评估最终都不可避免地涉及政策功绩的评判，而政策是由人来制定并执行的，所以，政策评估实质上是对有关人员行为的一种价值判断，政策评估本身就具有批判性，是借助批判手段实现建设性目的的活动。有关机构和人员既可以是政策评估最坚强有力的支持者，也可以是最坚强有力的反对者，而他们的态度取决于其对政策评估价值判断倾向的认同程度。
有关人员的抵触心理来自三个方面的原因：一是担心评估会得出不利于他们的结论；二是对政策过程的独占心理驱使他们反对他人进入，以免影响他们的行动计划；三是人的本能的支配心理，有关人员的抵触主要表现为拒绝提供评估经费和资料，藐视、贬低和否定评估结论等。在政策评估面临的所有困难中，人为的抵制是最直接的、也是最严重的困难。
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