由于目前尚未出台协商民主与基层治理方面的规范性文件，农村开展协商民主和基层治理工作，缺乏政策支持和措施，没有统一规范的工作流程。在积极满足公民参与权的过程中，行政协商也极有可能走向法治的反面。有一部分行政协商的目的是实现分工与合作治理，而另一部分协商是在自由裁量权的基础上产生的，由于立法尚不能满足多元利益的需求，其需要行政机关在行政过程中与行政相对方协商的基础上适度地弹性执法，这就使得行政机关有可能出现极力诉求其自身权益的情况。并且，在产生行政压力和社会压力的情况下，过度行使行政自由裁量权，进而使得法律不能得到很好地执行，也会使行政行为偏离法治的轨道。
《国务院关于加强市县政府依法行政的决定》中要求市县政府重大行政决策需开展听证会，而在乡镇一级政府，可称之为“重大”的行政决策少之又少。集体决策意味着民众的参与，参与的过程又必然包含双方的商谈与妥协，但某些基层政府的领导者却机械地认为协商仅是政协的责任，与乡政府无关。
目前，我国的政协机构只设到县级，县级以下没有政协机构。这样一来，由于缺少第三方搭建协商平台，乡镇一级政府极少主动与民众协商。村民自治制度虽已全面推行，但由于强势家族和乡一级政府的干预、青壮年大多外出打工等原因，村委会选举的民主性受到村民的质疑。并且，上级指示对村级领导班子仍然起着决定性的作用，乡镇仍然是村级行政的指导者和领导者。另外，倾向于选择既不得罪村民也不得罪上级的地方干部也不乏其人。
上述决策机制对公众意见的采纳极其有限，而所做出的决策又直接关系到民众的基本利益，这样的决策产生的治理方式显然不够公允和理性。这样的方式一则暴露了基层政府或对民众利益的关注不够，或急功近利，做表面文章，使决策缺乏可行性和科学依据；二则表明部分政府对于民众参与公共事务的管理仍存有戒心，不愿对公共事务进行重新分工。…
此外，地方政府目前的行政协商存在固有的地域局限。行政协商的效能一般局限在地（市）级以下的政府辖区内，超过特定地域范围，行政协商尚无明确的经验与探索，也无相关的法律规定。这说明，地方政府的行政协商存在两个方面的问题:一方面，地方政府的行政协商只能停留在“熟人社会”与“半熟人社会”。在乡（镇）级等基层政府中，由于社会活动范围小，社会结构基本上属于“熟人社会”与“半熟人社会”，干部、民众、社会团体等社会主体之间的互动也较为频繁，从而使行政协商的推进成为可能。在“非熟人社会”，行政协商难度则大大提升，“复杂社会”中的公民甚至无法进行有效的协商。这个问题在西方协商民主理论中曾以规模困境的方式出现，古丁就曾提出，“当参与者超出一定的数量（在20人以下可行），协商就会崩溃”。另一方面，行政协商制度所能处理的事项也存在地域局限与层级局限。行政协商的内容只能是本级政府行政机构能力范围内的问题，对于“跨地域”“跨层级”的复杂问题，行政协商便难以支撑，而社会民众公共服务诉求往往突破了层级限制与地域限制，如生态保护、公共医疗、公共卫生等涉及基层政府之间的合作或者市（地）级以上政府的支持。这些议题自然被排除在地方政府的行政协商范围之外，无形中局限了行政协商制度所能发挥的效用。[5]
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