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分型的影响因素及问题

时间:2022-04-16 理论教育 版权反馈
【摘要】:在用ABI PRISM 310遗传分析仪作STR分型时,matrix文件用来消除正常范围内的不同荧光之间的干扰。而matrix文件对于仪器及电泳条件是特定的。因此,首次使用仪器或者更换电泳缓冲液时,应新建matrix文件,以消除不同颜色间的重叠。1.杂合等位基因峰高和面积的不对称正常情况下,杂合子的2个等位基因的峰值一致或接近,小峰的面积(或峰高)在大峰的70%以上。违反这种规律时,需要仔细检查或重新检测。Stutter峰的峰高或峰面积不超过其主峰的15%。

六、STR分型的影响因素及问题

(一)STR分型的影响因素

在用ABI PRISM 310遗传分析仪作STR分型时,matrix文件用来消除正常范围内的不同荧光之间的干扰。标记DNA片段的荧光素在激光激发下发出荧光,但在某些荧光素之间会发生一些吸收光谱的重叠。例如,蓝色荧光素和绿色荧光素间会有部分重叠,matrix文件则可以消除这种现象。而matrix文件对于仪器及电泳条件是特定的。因此,首次使用仪器或者更换电泳缓冲液时,应新建matrix文件,以消除不同颜色间的重叠。

(二)分析STR分型结果应注意的问题

1.杂合等位基因峰高和面积的不对称正常情况下,杂合子的2个等位基因的峰值一致或接近,小峰的面积(或峰高)在大峰的70%以上。违反这种规律时,需要仔细检查或重新检测。

2.额外峰正常的纯合子只有1个峰,杂合子有2个峰。如果出现第3个峰,则称额外峰。最常见的额外峰是Stutter峰,出现在比其主峰(目的等位基因)少1个或多1个重复单位的位置。其形成原因一般认为是在PCR过程中聚合酶出现复制滑脱。Stutter峰的峰高或峰面积不超过其主峰的15%。其峰高与重复单位长度呈反比(即五核苷酸重复单位<四核苷酸重复单位<三核苷酸重复单位<二核苷酸重复单位)。不同基因座产生的Stutter峰大小不同,同一基因座内片段大的等位基因的Stutter峰值比片段小的要大些。

(胡 兰 伍新尧)

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