经络理论在临床上的运用，主要有诊断和治疗两方面。
各条经脉的循行有一定的部位。根据病变的部位可以分析其所属经络脏腑，根据经络来切脉、诊察体表和辨别证候，这种方法叫做“分经论证”（“经络诊法”）；而根据各条经络的生理、病理特点来分析临床证候，则称作“分经辨证”；根据经络联系全身以及经气的传导作用，根据经络的生理病理特点在相应经脉循经取穴施术，运用不同的治法及药物治疗，称为“循经治疗”（循经取穴和分经用药）。根据经络协调平衡全身阴阳的作用，便可通过各种刺灸方法补虚泻实，调整阴阳，从而达到治疗疾病的目的。
（一）经络诊法
《灵枢·经水》说：“审、切、循、扪、按，视其寒温盛衰而调之”，这些都是就经络部位进行诊察的方法，如审查、指切、推循、扪摸、按压，以及观察该部寒温和气血盛衰现象。《素问·三部九候论篇》说的“视其经络浮沉，以上下逆从循之”，也是同一意思。“切循而得之”，本身就是检查经络的基本方法。经络外诊多用直接的检查，近代又采用一些客观的检测方法，如从皮肤电现象进行观察等，使检查探测方法趋于多样化。
分经切脉，原属经络诊法的主要内容。《灵枢》以寸口脉诊候阴经病证的虚实，人迎脉诊候阳经病证的虚实。又以阳明脉所最盛，其下部可诊候冲阳（趺阳）脉，肾所盛衰则可诊候太溪脉。
分部诊络，则是指分皮部诊察血络的色泽，以辨痛、痹、寒、热等，这在皮部中已有说明。近人又有从皮疹辨证，也属于诊络法。
压痛的检查，对临床取穴尤为重要。“按其处，应在中而痛解（懈）”（见《灵枢·背腧》），这既是取穴法，也是经络诊法之一。
（二）分经辨证
全身外至皮肉筋骨，内至五脏六腑，都以经络为纲，按经络来分析病证，即称分经辨证。《素问·皮部论篇》说：“皮有分部，脉有经纪，筋有结络，骨有度量，其所生病各异”，指出皮肤的分部，筋肉的有起有结，骨骼连属和长短，都是以经脉为纲纪，从而分析其所发生的不同病证。
十二经脉各有“是动则病……”和“是主某所生病”的记载，意指此经脉变动就出现有关的病证，此经脉腧穴能主治其所发生的病证，这就是经脉的主病。各经脉既有其循行所过部位的外经病（证），又有其有关的脏腑病（证）。此外，络脉、经筋也各有主病；皮部之病实即经络之病的综合反映，总分为六经病。奇经八脉与各经相交会，其所主病证又有其特殊性质。
分经辨证，主要也就是分十二经（合为六经）和奇经八脉，一般以十二经为正经，主疾病之常；奇经为十二经的错综组合，主疾病之变。
（三）循经取穴
经络各有所属腧穴，腧穴于分经之外还有不同的类别，腧穴以经络为纲，经络以腧穴为目，经络的分布既有纵向的分线（分行）关系，又有横向的分部（分段）关系，这种纵横关系结合有关腧穴其意义更为明显。循经取穴的意义应当从这种关系去全面理解，因而按经络远道取穴是循经，按经络邻近取穴也是循经。
《内经》所说的“治主病者”就是指取用能主治该病证的经穴。经脉的“是主某所生病”，说的就是这一经所属穴的主治证，这主要以四肢部经穴为依据。作为特定类别的四肢经穴就有井、荥、输、原、经、合、络、郄等。在头面、躯干部，则有处于分段关系的脏腑俞募穴及众多的交会穴。对脏腑五官来说，取用头面躯干部的经穴是近取法，取用四肢部的经穴是远取法。循经远取和远近配合，在临床治疗中具有特殊重要意义。
（四）药物归经
药物按其主治性能归入某经和某几经，简称药物归经，此说是在分经辨证的基础上发展起来的。因病证可以分经，主治某些病证的药物也就成为某经和某几经之药。宋、金以来，医家张元素（洁古）等发扬此说，为掌握药物主治性能提供了方便。清代徐灵胎《医学源流论》说：“如柴胡治寒热往来，能愈少阳之病；桂枝治畏寒发热，能愈太阳之病；葛根治肢体大热，能愈阳明之病。盖其止寒热、已畏寒、除大热，此乃柴胡、桂枝、葛根专长之事。因其能治何经之病，后人即指为何经之药”。近代药物书中多有归经的记载。
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