1949年11月4日，毛泽东批准了第三野战军关于总攻舟山的作战方案，他在为中央军委起草给粟裕等的回复电报中指出：“同意你们戌东电所述定海作战方案，我们认为你们采取慎重态度，集中优势兵力，事先做充分准备，力戒骄傲轻敌的方针是正确的。”
11月14日，毛泽东分析了盘踞在舟山群岛的国民党军情况，对解放定海的作战部署，再次电示第三野战军、华东军区粟裕及陈毅、饶漱石三位负责人：“舟山群岛共有敌军五万人，并有颇强的战斗力，你们以两个半军进行攻击是否足够？鉴于金门岛及最近定海附近某岛（注：登步岛）作战的失利，你们须严重注视对定海作战的兵力、部署、准备情况及攻击时机等项问题。如果准备未周，宁可推迟时间。提议你们派一要员直赴定海附近巡视检查一次。如何，盼复。”[8]
粟裕随即下令收回下属部队机动发起攻击之权限，严令对舟山等岛屿之攻击，须事先将准备情况报告，并经过派人检查批准后始得发起。电称：金门战斗失利教训，在部队干部中尤其是高干中，未能深刻进行教育，以致又有第21军在定海东南的登步岛失利之事发生。为此，要求各部应以金门、登步岛之教训，深刻教育部队干部，尤其各高级干部更应深加研讨，了解新的情况，研究和学习新的作战方法，勿骄勿躁，充分准备，本着以多胜少的原则部署作战，达到歼灭敌人有生力量之目的。“如我能在舟山群岛及沿海各小岛全歼敌人主力，则造成攻占台湾之更有利条件。”[9]
11月22日，粟裕向中央军委和毛泽东建议：国民党已将台湾的部分兵力移至舟山。况且，我们也无内应条件，如果死打硬拼，势必会造成很大损失。是否推迟攻击舟山的时间，加紧发展海、空军，以使作战时，能首先以海空力量对敌实施歼灭性打击，然后再以陆军优势兵力攻取该岛。中央军委和毛泽东经过认真研究，采纳了其建议。
12月5日，毛泽东就作战方法、攻击时间电示粟裕，认为攻击舟山群岛“大体上可以推迟至明年一月或二月间”，并多次电催前方。
此后，对舟山战役准备情况，毛泽东十分关切。1950年1月11日，正在苏联访问的他又发电给粟裕：“……（一）你们对舟山群岛之敌有无办法进行策反工作，你们是否进行了此项工作，结果如何？（二）你们对舟山群岛进攻的准备工作做到了什么程度，船只的准备是否增加了……”[10]
对战事进行通盘考虑，毛泽东又多次电示。比如，3月28日，毛泽东电示粟裕，确定了“先打定海、再打金门的方针应加确定，待定海攻克后拨船拨兵去福建打金门”的指示方针。5月10日，毛泽东又电示：“粟裕同志：你们计划何时举行舟山群岛作战，准备如何，盼告。”[11]5月12日，三野兼华东军区副司令员粟裕向前线指挥部来电传达毛泽东的指示，要各陆军部队于6月10日完成战役准备。
关于舟山战役一再延期，可见在渡海作战准备方面、敌我情况侦察了解方面，中央和兵团高层是相当谨慎的。解放军第七、九兵团多次会议讨论作战时间，先后延至1950年2月底、3月底和6月；但实际上最后是在国民党军队撤离舟山的情况下，1950年的5月16日人民解放军发起总攻，和平接收的。
1950年5月13日晚开始，国民党12万多守岛部队陆续开始撤离舟山，于16日夜全部撤离完毕。
发现舟山守敌撤逃迹象后，人民解放军迅疾采取行动，于16日立即发出全线攻击的命令。当日，二十一军占领登步岛，二十二军占领册子岛，二十三军占领大猫岛。16日夜，3个军的近10万大军在东起登步，西至金塘、镇海的海面上，万舟齐发，进行全线追击。
舟山解放后，毛泽东继续关注善后处置。在收阅舟山解放捷报后，5月18日，代军委转发粟裕关于占领舟山群岛后的处置意见的电报，就敌军军事设施处置意见做了指示。5月21日，中国人民革命军事委员会发电祝贺舟山解放。同日，《人民日报》发表评论，庆祝舟山群岛解放。
毛泽东作为共和国领袖和我军最高统帅，密切关注舟山战役的点滴进展。从1949年11月到1950年5月，他亲拟8封电文给华东前线作战部队负责人，根据战况变化，就舟山战役战前准备、作战部署、攻击时机和占领舟山群岛后的处置问题等做出指示，为前方作战部队制定正确方针。特别是登步岛一战失利后，毛泽东审时度势，果断地做出了符合舟山战役规律的决策，避免了速进盲动，也达到了不战而屈人之兵的实际效果。
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