从我国污染物排放许可证制度现状分析可以看出，该制度在国内实施这些年来取得了一定成效，但如此重要的环境法律制度，其实施的总体效果还是不甚理想，并没有达到环境行政部门的期望，更没有发挥出应有的制度价值，在实施的过程中暴露出了许多问题。
第一，我国目前仍欠缺国家层面的排污许可证立法，因此排污许可证法律地位不甚明确。《行政许可法》实施后，由于该法对行政许可的设定权限和程序规定十分严格，之前的有关排污许可证的地方性规范文件已被部分清理，但是由于很多地区许可证制度并未停止实行，所以地方环保部门在管理过程中环保部门和企业的责任、权利与义务，以及违规后的处罚权力和权限等并没有得到明确，这在实施过程中很容易使地方政府和环保部门限入尴尬。如山西省规定了对未取得排污许可证或者临时排污许可证排放污染物的，且逾期未补办许可证的，可处1 000元以上30 000元以下罚款，并由同级人民政府决定关闭或者停产。由于这一规范性文件只是地方政府规章，显然违反了《行政许可法》关于行政许可设定权的规定，罚则欠缺当然法律效力，一旦环保部门依此规定给排污者以行政处罚，极易产生行政诉讼。
第二，作为排污许可证依据的上位法之间规定不一致，例如关于排污许可证发放机关的规定，2008年新修订的《水污染防治法》中规定排污许可证的具体办法由国务院另行制定，依照政府职能的划分许可证的发放应当由环境保护部门来负责，而2000年颁布的《大气污染防治法》将发证机关限定在“有关地方人民政府”，使得地方环保部门在此处权力受到限制，不利于有效开展环境管理工作。这也使得地方在实施此制度时陷入不必要的麻烦。此外，在现有法律规定的管理权限上同其他部门也有一些职能重合的地方。例如“环保部门主要管理将污染物排入江河的企业，污染物排入市政污水处理系统的企业归各地市政行政部门管理，但由于管道设计的问题，污水有可能进入不同的排水管道（如市政管网、或雨水管网），因而在管理上存在职能分配不清的问题。”[13]
第三，排污许可证的发放范围不一致所引起的管理上的不公平。许可证的实际颁发程序、对象等方面存在着不公平、不公开等严重问题。地方环保部门管理和发证的重点主要是地方的重点生产性污染企业，也即重点污染源。这种管理办法在现阶段应用较多，但是却忽略了法律制度实施的公平性。很多没有纳入排污许可证管理范围的小企业，其排污总量可能超过持证的同类企业，但却减少了环境成本支付。此外，对于已将总量控制要求纳入到许可证管理的地区而言，排污者虽然获得了一定的排污指标，但是这种指标如何计算、分配到各个排污单位的并没有公开进行，难免出现分配不公的现象。
第四，现有基层环保部门在人力、财力和技术上的不足是排污许可证实施的又一大障碍。以上海市为例，“上海市的环保投入和建设总体是优于其他省市的，但依然面临着环境监测能力不足，无法掌握企业实际排污情况的问题，监测机构大多采用每季或每季抽样的方式来估算企业的排污总量。此外，上海市环保系统共2000余人，需要对全市两万多企业的排污许可证发放与后续管理还是有很大难度的。”[14]此外，多数地区将实施污染物排放许可证制度的实施与总量控制挂钩，而总量控制制度自身的实行还需要较大的经济和技术支持，这种支持目前来看并未有效供给，“如对环境容量的测定还没有非常成熟的技术手段，而且成本昂贵。为准确跟踪企业的排污情况，需要受监控的企业安装连续排放监测系统，这对大部分企业而言亦是一个较大的负担，企业有较大的抵触。”[15]管理和维护在线监控设备的过程中都存在资金压力，而现阶段完全依靠企业，尤其是中小型企业来完成污染治理技术和设备的更新也存在很大难度。
出现上述问题的成因恐有多个方面，但是我们认为以下问题值得注意，我国环境保护立法多年来都是遵循“宜粗不宜细”的原则，导致了实践中出现了操作方面的不顺畅和不公平等问题。“宜粗不宜细”原则的本意大概是因为我国在环境管理上的实践经验不足，因此要在立法上留有余地，给环境行政部门更多的自由裁量权，以应对实际中可能出现的诸多情况。但是，这一原则的延续出现了很多问题。“由于我国没有一部行政程序法来约束行政机关及其工作人员的行政行为，加上国家机关工作人员的整体管理素质有待提高、法律意识底下的现状和事实，决定了环境与资源法律在实施上的不充分性和不完整性，使得行政机关自由裁量的权力过大，又得不到法律和社会的有效监督。结果还导致各环境与资源行政机关的一个主要行政目标是争权夺利，对行政机关有利的事务均欲插手管理，而对行政机关无利的事务则互相推诿，从而懈怠了对环境与资源予以保护的义务，使公民的合法权益得不到保障。”[16]
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