斯坦利一生中最后一次探险既是一场梦魇，又是一场闹剧。1887年，他受命前去营救自封为埃明帕夏的德国医生，他是英国任命的苏丹最南端的赤道省省长。当时苏丹名义上是在埃及的统治之下，但又要依靠英国的军事力量来维持秩序。后来，称为伊斯兰先知的马赫迪领导起义，当时的欧洲报纸报道说：“埃明帕夏困守在尼罗河上的瓦德莱堡垒，情势十分危急。”
于是，斯坦利又率领一支由708人组成，也是当时规模最大的非洲探险队从刚果河口出发了。他们溯河而上，直到伊图利热带雨林，斯坦利称之为“恐怖之地……是我在非洲所经历的一场最可怕的梦魇”。斯坦利留下一支后备队后，率领389人进入茫茫的热带雨林，结果只有174人走出来。这些人甚至被迫靠吃人肉维持生存。幸好，探险队的领导人斯坦利通过他的铁腕手法，保持了纪律。
糟糕的是，斯坦利于1888年初到达目的地后，却发现“待人友好……学识渊博的”的埃明帕夏安然无恙，而且并未受到马赫迪起义军的威胁。他和利文斯顿一样，也并不指望有人前来救他。于是，斯坦利丢下埃明帕夏，让他好好想一想自己是走还是留，自己则又再次钻入热带雨林，去寻找他那迷失方向的后备队。等找到后备队的时候仅仅剩下了98人。回来的路上，斯坦利远远望见了白雪覆盖的鲁文佐里山脉和神秘的月亮山，成为看见这两处地理景观的第一个欧洲人，在此之前，几位欧洲探险家也到过此地，但都无缘看见。
1889年12月，斯坦利、埃明帕夏及他们各自的队伍经过长途跋涉，终于抵达巴加莫约。斯坦利再一次完成了横穿非洲大陆之旅，这一次的方向与上次正好相反，是自西向东。
斯坦利在他生命的最后15年，致力于撰写他在非洲的经历和回忆录。1904年5月9日在伦敦逝世，终年63岁。
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