颜元认为，气是生成万物的材料，由阴阳二气之流行而产生元、亨、利、贞四德（春、夏、秋、冬四时），再化生宇宙万物，所以气是宇宙万物的本体。理是事物所以然的规律，理依于气而存在，与气是统一而不可分的。他说：“生成万物者气也……而所以然者理也。”（《习斋先生言行录·齐家》）又说：“盖气即理之气，理即气之理。”（《存性编》卷一）在理气二者中，颜元强调气是主体，居于首要地位，理是气的性质和功能。他说：“若无气质，理将安附？”（《存性编》卷一）“无非是气之理也。知理气融为一片，则知阴阳二气，天道之良能也。”（《存性编》卷二）颜元既承认气为理之气，理为气之理，“理气融为一片”，又肯定理“无非是气之理”，没有气就没有理，这就肯定气是第一性的，是本原，理是第二性的，是派生物。
在理事关系上，颜元指出，理并不在事外，而表现在事之中。他说：“理者，木中纹理也，其中原有条理，故谚云：‘顺调顺理。’”（《四书正误》卷六）理为木之理，理在木中。他认为，理表现在事上，不能于事外求理，只有在具体事物中认识理，才能得到彻底的认识。“见理己明而不能处事者多矣。有宋诸先生便谓还是见理不明，只教人明理。孔子则只教人习事，迨见理于事，则己彻上彻下矣，此孔子之学与程朱之学所由分也。”（《存学编》卷二）他认为，尧、舜、周、孔都是强调以事物为主的，只有程朱是强调理的。程朱离事言理，必然危害后世，使后世之人离开具体事物而空谈玄虚之理，崇尚“纸墨虚华之学”。
在体用关系上，颜元同样强调二者合一一致。他认为，体是精微的，用是粗率的；体是抽象的，用是具体的。有的人轻视粗率的的具体事物，一味地悬空追求抽象的道理，结果是走向了邪路。真正的学术应该是体用一致，粗中求细。只有二者一致，才是真体真用。他指出，佛教主张有无用之体，宋儒主张有体而无用，其实质都是无所用，体非体，既取消了用，又取消了体。他说：“今释氏、宋儒有伏而无作，有体而无用。不能作之，伏非伏也；无所用之，体非体也。”（《朱子语类评》）理学家将体与用分裂开来，只空谈无用之体，表面上似乎重视体，实际上则是离开具体事物而追求悬空之体，这个体也不是其正之体。这种体用割裂论实质是否定实用的形体，与佛教是一样的。“既为无用之体，则理亦虚理。释氏谈虚之宋儒，宋儒谈理之释氏，其间不能一寸。”（《朱子语类评》）颜元坚持体用一致，反对佛教、宋儒的体用分离。他说：“盖吾儒起乎便与禅异者，正在彻始彻终总是体用一致耳。”“盖无用之体，不惟真无用，并非真体也。”（《存学编》卷二）
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