殷周时期占统治地位的思想是天命论。殷周的贵族为了巩固自己的统治，塑造了人格神的天，宣扬政权神授，以此作为他们统治的精神支柱。他们把“天”人格化、神圣化，把它打扮成一个能操纵人间万物命运的活灵活现的主宰，自己则扮演着受命于天，顺从天命而行事的角色，是天在人间的代理人。
在天命鬼神问题上，孔子的观点明显具有两重性。一方面，他接受了殷周以来的天命论思想，相信天命的存在，认为它决定着自然、社会的变化和人的生死。孔子说：“获罪于天，无所祷也。”（《论语·八佾》，以下凡引《论语》只注篇名）他有时还自诩说：“天生德于予，桓魋其如予何！”（《述而》）天把美德给了我，桓魋能把我怎么样!他认为自己也是受命于天的。在周游列国时，有一次孔子路过匡这个地方，匡人将孔子误认为阳虎，拘禁了他五天。面对弟子们的忧惧，孔子说：“文王既没，文不在兹乎?天之将丧斯文也，后死者不得与斯文也；天之未丧斯文也，匡人其如予何？”（《子罕》）在孔子看来，天把文化给了周文王和他，他要是死了，天下从此就不会有文化了。现在天把保存和传播文化的使命给了他，匡人能把他怎么样!他又说：“天何言哉?四时行焉，百物生焉，天何言哉？”（《阳货》）这就是说，天虽然不言不语、无声无息，却操纵着自然界四时的变化和万物的生灭。他有时发誓：“吾谁欺，欺天乎?”（《子罕》）有时又慨叹说：“天丧予！天丧予！”（《先进》）。这一切都说明，孔子虽然没有把天描绘成能直接发号施令的最高主宰，将天的人格神的外貌丢掉了，但却保留着天具有最高意志能主宰一切的权威。孔子还承认命运之天决定社会的治乱和人的生死、贵贱。孔子说：“道之将行也与，命也；道之将废也与，命也。”（《宪问》）这就是说，他的使命和政治主张能否实现，完全是由命运决定的。孔子的学生子夏也谈到孔子说过：“死生有命，富贵在天。”（《颜渊》）在孔子那里，贫富、贵贱，由天决定，死生、祸福，由命决定。
孔子相信天命，但并不否认个人主观努力的作用。在这里，他并没有对天命的权威加以限制的意图，也没有将天命和人力划出不同势力范围的思想，而是认为人的主观努力也是非常重要的。他说：“谋事在人，成事在天。”（《颜渊》）一件事情最终能不能做成，可能你自己不能决定。但做不做、怎么做，这要靠你自己去努力。从这一点说，他也对人力的作用予以一定的地位。他一生发奋努力，不论是周游列国，为宣扬自己的政治主张、实现自己的政治理想而奔波，还是为教育学生，整理古代文献而废寝忘食、夜以继日，都表现出强烈的使命感，而不是坐等命运的安排，一切听天由命。
在鬼神的问题上，孔子也采取一种模棱两可的态度，一方面不明确否定鬼神的存在，另一方面又主张不过分依赖鬼神。子路问孔子有关鬼神的事，孔子说：“未能事人，焉能事鬼。”（《先进》）孔子关心的不是鬼神和对死后的猜测，而是现实的人生，人应该努力做好现在的事情。楚昭王有一次生病了，有人认为是得罪了河神，主张去祭祀河神，但是楚昭王没去。孔子听说这件事后，赞扬楚昭王“智矣”。这些记载，都说明在鬼神问题上，孔子采取了一种明智的态度。他说：“敬鬼神而远之，可谓智矣。”（《雍也》）
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