新中国成立后，宁夏坚持“预防为主”的卫生工作方针，采取了一系列加强防病治病的有效措施。进入20世纪90年代之后，全区建立了传染病监测系统，在11个市县的4个街道和30个乡镇建立起自治区级监测点，同时还在18家医疗卫生单位建立了性病、艾滋病实验室，形成了监测网络，监测设备、手段和水平大大提高。到2002年，全区建立起了基本覆盖自治区、市、县、乡（社区）、村五级疾病预防控制体系。2004年正式启用传染病网络直报系统，对及时准确掌握传染病疫情，积极控制传染病蔓延十分重要。现已有13个疾病专报系统，法定报告传染病增至39种，直报率达到95%以上，同时，还在全区开展了法定传染病漏报调查，实行了责任制管理，使传染病疫情报告更加准确、及时、有效。
近些年来，全区传染病疫情形势总体平稳趋缓，平均报告发病率在全国顺位逐年下降，由1978年的全国第五位下降到目前的第十七位。多年来无甲类传染病报告；乙类传染病发病率有了明显下降，2014年较1978年下降了54.77%；重点传染病发病得到了有效控制：病毒性肝炎报告发病连续10年呈下降趋势；细菌性痢疾报告发病率较10年前下降了94.20%；氟砷中毒病区病情基本摸清；流行性出血热发病率长年控制在极低水平。
2003年“非典”疫情发生后，针对宁夏公共卫生体系和应急机制存在的问题和薄弱环节，自治区党委、政府高度重视，积极推进全区卫生应急体系建设。实现了自治区卫生应急组织管理和指挥体系从无到有、管理职能从分散到集中的转变。卫生应急体系逐步建立，卫生应急各项制度逐步完善，卫生应急能力逐年提升，以“一案三制”建设为重点的卫生应急各项工作取得了质的飞跃，在有效防范、及时应对各类突发公共事件中发挥着越来越重要的作用。
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