商事仲裁制度是自贸区法制环境建设的重要组成部分。上海国际仲裁中心于2013年10月在自贸区设立了上海自贸区仲裁院。2014年4月8日，《中国（上海）自由贸易试验区仲裁规则》在上海颁布。《自贸区仲裁规则》共有10章85条，这是中国首部在自贸区适用的仲裁规则，条文数量及内容翔实程度在国内外仲裁机构的仲裁规则中都处于领先地位。
《自贸区仲裁规则》充分借鉴了联合国国际贸易法委员会以及国际主流仲裁机构的最新成果，条款内容参考了《联合国国际贸易法委员会仲裁规则》（2010年修订）《斯德哥尔摩商会仲裁院仲裁规则》（2012年修订）《国际商会仲裁规则》（2012年修订）《新加坡国际仲裁中心仲裁规则》（2013年修订）以及《香港国际仲裁中心仲裁规则》（2013年修订）等仲裁规则的相关规定，与国际通行做法相接轨。[24]
《自贸区仲裁规则》亮点纷呈，主要体现在以下几个方面：第一，在“临时措施”中，增设了“紧急仲裁庭”制度，规定临时措施的决定机构包括仲裁庭和紧急仲裁庭。第二，确立了仲裁员开放名册制度，突破了以往的“名册制”的限制。第三，完善了“仲裁与调解相结合”的制度，设立仲裁庭组成前的调解员调解程序。第四，增设了“小额争议程序”，适用于争议金额不超过10万元人民币的国内争议案件。第五，合并仲裁制度的细化，允许两个或两个以上案件的仲裁程序的合并。除此之外，《自贸区仲裁规则》的创新还包括细化“其他协议方加入仲裁程序”，“案外人加入仲裁程序”等制度，以及强化仲裁中的证据制度，纳入“友好仲裁”制度等内容。[25]
上海市第二中级人民法院作为指定管辖上海国际仲裁中心所仲裁案件的司法审查单位，为充分发挥仲裁制度在解决纠纷中的重要作用，于2014年5月4日发布了《对适用〈中国（上海）自由贸易试验区仲裁规则〉仲裁案件司法审查工作的若干意见》。至此，上海自贸区已经构建了一个自贸区仲裁机构、一部自贸区仲裁规则、一个涉自贸区仲裁规则的司法审查意见三位一体的自贸区仲裁机制。[26]
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