使用出纳软件，首先当然是要将其成功地安装在电脑上，然后要进行的就是出纳软件的初始设置工作。
初始设置也称初始化，是使用通用出纳软件的基础，是非常关键的一项工作。出纳软件初始设置是指将手工会计出纳业务数据移植到计算机中的一系列准备工作。初始化工作的好坏，直接影响到电算化工作的效果。
一般来说，出纳软件的初始设置应该包括以下几步：
定义基础参数→设置处理规则→输入期初数据
基础参数设置又叫业务处理控制参数，即设置出纳业务处理过程中所使用的各种控制参数，规定业务处理控制要求。设置了参数后，就会在数据库中保存这些参数，系统会在以后使用计算机进行相应的业务处理时，根据保存的参数值，做出不同的计算、存储、统计分析处理。基础参数的设置将决定出纳软件的运行流程、业务模式、数据流向等，设定后不能随意更改。设置基础参数可以使出纳软件适应不同的企业的业务处理的要求。
建账就是建立出纳的会计数据库，按照出纳软件所设计的模板数据库建立用户的数据库，相当于完成了手工方式下账本的准备工作。
建立有关核算规则确定管理分析方法，如设置会计科目、编制工资计算公式、编制报表取数和计算公式等。其中，重要任务之一就是建立电子档案。
电子档案是构成会计数据的框架，有些软件称之为目录，如科目目录、客户目录、存货目录、部门目录等，它是对会计信息进行分类的依据。由出纳软件产生的总分类账、明细账、辅助账和各种统计表都是在电子档案的基础上形成的。每一笔业务都可能由几个档案和一组数字组成，如会计凭证的一条记录可能含有科目、部门、职员、客户或供应商、发生额等数据项，而一张发票可能含有客户、部门、业务员、仓库、商品、数量、金额、税额等数据项。我们可以按照数据库原理，对成批的会计记录分别以不同的档案为关键字进行分类和汇总。
建立电子档案就像手工方式下要往新的账本上抄写会计科目，往来明细账上要抄写各往来单位名称一样，便于下一步会计数据的写入。它是构成计算机会计数据体系的框架。
目前，我国各行业的会计科目是有一定标准的，一些行业的商品也有标准的编码体系。有些软件就将具有标准的档案预置在数据库中，可以在建账时自行选择，减少工作量。
输入原始数据是为了完成手工账与计算机账的连接，使会计数据具有连续性。
会计数据具有连续性。企业的经济业务是连续发生的，但为了便于会计分析，会计核算是按会计期间进行的，大多数的会计账以年度为单位建立。当新的会计年度到来时，会计科目的期初余额和期末余额会将新旧会计年度的会计业务连接起来。如：2012年时，财务部门首先要建立2012年度的账簿，将2011年的总账、明细账等年末余额转换为2012年年初余额，即年初结转，然后才开始记录2012年的账，使企业的会计业务具有连续性。
输入期初余额。期初余额恒等于上一会计期间的期末余额。该余额包含新的会计软件启用以前，已进行了会计处理的所有业务信息，如科目总账、明细账、辅助账等余额，同时也包含了未进行会计处理的一些业务数据。
输入期初余额后的校验。如总账平衡校验、总账与明细账相符、明细账与各商品账及实物账相符的校验，以保证企业的会计信息准确、财产真实。
日常的出纳业务处理主要包括输入、处理、输出、利用等方面的工作。
Easy-going
不同的企业，对于出纳业务处理范围、会计核算的方式、数据计算的方法、会计文件输出的格式等的要求不同，其业务流程也是千差万别的。
输入：将原始数据、原始凭证或记账凭证输入计算机，生成一定格式的电子文件，存储在计算机上。
处理：对计算机上存储的数据文件，进行计算、分类、合并、传送等处理，生成凭证、账簿或报表等数据文件，然后进行存储。
输出：根据计算机上存储的凭证、账簿或报表数据文件，在计算机屏幕或打印机上输出各种会计信息。
利用：在会计核算的基础上进一步分析利用，如编制各种财务分析报告等。
其业务处理流程如下：
输入工作→加工处理序列→输出工作→分析、利用
一个会计期结束后，进行账账、账证、账实核对，并进行结转处理，最后进行结账。
对账→转账→结账
结账只能每月进行一次，结账后不能再处理本月的业务。
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