目前，在施工企业内部，联营合作项目普遍存在，联营合作方大部分不是合法的正规企业，且部分合作方是自然人，没有健全的会计核算体系，工程成本核算形同虚设，采购的材料、分包工程、租赁的机械设备和设施基本没有正式的增值税专用发票，也没有索取发票的意识。在营业税下，以工程总造价为计税依据计征营业税，不存在税款抵扣问题，营业税也与成本费用关系不大。但在增值税下，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额，销项税额是不含税工程造价乘以增值税率计算，进项税额是材料采购、设备租赁、工程分包等环节取得的增值税专用发票上注明的增值税额，进项税额产生于成本费用支出环节，增值税与工程造价、成本费用密不可分。如果联营合作项目在采购、租赁、分包等环节不能取得足够的增值税专用发票，那么增值税进项税额就很小，可抵扣的税款较少，缴纳的税款较多，工程实际税负有可能达到6%～11%，超过总包方的管理费率，甚至超过项目的利润率，总包方和联营合作方都将无利可取，涉税风险会威胁到联营合作项目管理模式的生存和发展。
工程分包模式包括专业分包、劳务分包两种形式，每种分包模式还存在向有资质的企业分包、无资质企业或个人分包等形式，营改增以后建议从以下方面进行规范：
（一）规范工程专业分包
（1）工程总承包合同需明确工程专业分包事项或取得发包方书面认可；
（2）对分包商的工程专业承包资质（与分包工程匹配）进行备案；
（3）专业分包合同采取清包模式（主材、机械等甲方提供）；
（4）明确约定发票条款（税率、发票类型、提供发票时间）。
（二）规范劳务分包模式
（1）对分包商的劳务作业资质（与工程匹配）进行备案；
（2）劳务分包应采取清包模式（综合单价包括人工费、难以取得进项抵扣的二、三类材料等）；
（3）明确约定发票条款（税率、发票类型、提供发票时间）。
（三）规范个人挂靠、个人分包行为
（1）对于个人挂靠劳务分包单位需注意保持“三流一致”即合同、发票、资金保持一致。
（2）对于个人分包需在价格谈判时充分考虑成本、税收效益原则，按照建筑法的规定，采用“架子队”管理模式，签订临时用工劳务合同，同时关注个人所得税的承担问题。
建筑业由于行业经营的特殊性，建筑业总分机构一直以来在企业所得税和个人所得税税务管理方面成为热点和难点。
国家税务总局在1995年出台了《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》国税发〔1995〕227号，文件规定建筑企业异地施工，持有外出经营活动税收管理证明的，企业所得税回机构所在地缴纳。否则，在施工地就地缴纳企业所得税。为了进一步规范建筑业企业所得税纳税地点的管理，国家税务总局于2010年1月26日下发了《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函〔2010〕39号，文件具体要点分析如下：
总体原则：
（一）跨地区经营，不实行总、分支机构体制
即施工合同由总机构直接和建设单位签订，由总机构直接以自己名义来项目所在地进行施工。
如果总机构能向项目所在地税务机关提供以其名义签订的合同、外出经营活动税收管理证明、机构所在地主管税务机关提供的纳税证明及相应身份证明的，其企业所得税应回其机构所在地纳税。
（二）跨地区经营实行总、分支机构体制
根据国家税务总局2012年第57号：《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》规定，分支机构应在项目所在地按月或按季预缴企业所得税。
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