加工制造业企业的配送业务，是指利用自己拥有的物流企业或部门运用交通工具和人力，将货物从供应商的仓库或者零售企业的配送仓库，分配、运输至客户企业，并经验收、录入系统并整理上货架的过程。加工制造业所拥有的物流企业或部门在物流配送中经常发生运输、仓储等等相关的活动，随着“营改增”的推进，如何在配送过程中强化供应链的关联税负优化也是加工制造业必须关注的课题，当然首先应该讲物流部门独立成立为物流企业，这样可以让物流配送业务单独通过法人实体经营，这样最多只缴纳11%的增值税，否则会被认定为混合销售将与货物一并缴纳17%的增值税。在成立独立的物流企业的基础上开展以下几种供应链税负优化设计。
实施“营改增”改革后，转为增值税一般纳税人的物流企业，每月应纳增值税是以销售额与可抵扣购进金额之差乘以适用税率（17%、11%或6%），就是对增值部分纳税。而小规模纳税人是以不含税销售额乘以3%的征收率。因此，物流企业在选择纳税人身份时，主要从增值税实际税负考虑，利用增值率判别法等方法进行一般纳税人与小规模纳税人选择的纳税筹划。
令S为不含增值税的销售额，P分别为可抵扣购进额，适用的销货增值税税率为T1，适用的进货增值税税率为T2，当一般纳税人与小规模纳税人的增值税实际税负相等时：
S×T1-P×T2=S×3%（1）
由此可以计算出无差别平衡点增值率（见下表）。
当增值率小于17.65%（或52.94%或82.35%）时，因为一般纳税人可抵扣进项税额，而小规模纳税人不能，所以选择作为一般纳税人税负会比较轻。随着增值率上升，一般纳税人的优势越来越小，即当增值率大于17.65%（或52.94%或82.35%）时，选择作为小规模纳税人税负会比较轻。当增值率等于无差别平衡点的增值率时，两种身份的纳税人其税负是一样的。
案例：某物流公司，属于“营改增”实施区域，当年实现不含税销售收入100万元，可抵扣的购进额为80万元。方案一变更为增值税一般纳税人。则应缴纳的增值税为（100-80）×6%=1.2万元；方案二变更为小规模纳税人，应缴纳的增值税为100×3%=3万元，此时应该选择方案一。增值率为（100-80）÷100=20%（小于82.35%），与之前的结论一致。
在“营改增”后，大多的物流企业所承担的税负不但没有减少，反而出现上升的趋势，针对这一税负上升的情况，物流企业通过调整服务的价格，把增加的增值税由下游的企业来承担。那么对于下游企业，如果它也属于增值税的一般纳税人，通过购买服务产生的增值税进项税额是可以抵扣的，那么下游企业的实际采购成本就会相应降低。因此，调整原有的价格体系，就会产生一举两得的效果。
案例：A物流有限公司为“营改增”试点地区的一般纳税人，对外主要提供运输服务。2014年9月，该公司欲与老客户B商贸有限公司签订一笔200万元（含税）的运输服务合同。经过财务人员的测算，在原有税制下，平安物流有限公司需要缴纳6万元（200×3%）营业税，净收益为194万元。而“营改增”后，物流中的货物运输服务从3%的营业税税率调整为11%的增值税税率，必将导致平安物流有限公司的实际税负大幅增加。假设不考虑其他税种及成本的影响，对其进行纳税筹划。
方案一：该公司与B商贸有限公司签订一笔200万元的运输服务合同。
该公司应纳增值税200/（1+11%）×11%=19.82（万元）净收益=200-19.82=180.18（万元）
B商贸有限公司可抵扣增值税进项税额=19.82（万元）
方案二：该公司适当调整定价策略，通过谈判，将合同金额提高到216万元。
该公司应纳增值税=216÷（1+11%）×11%=21.41（万元）净收益=216-21.41=194.59（万元）
B商贸有限公司可抵扣增值税进项税额=21.41（万元）
对比可见，方案一比原税制下的税负增加了13.82万（19.82-6），净收益减少了13.82万元（194-180.18）；方案二比原税制下的税负增加了15.41万元（21.41-6），但净收益增加了0.59万元（194.59-194）。另外，“营改增”后，方案二中B商贸有限公司可抵扣增值税进项税额也增加了21.41万元，相应地，实际采购成本由原来的200万元下降为194.59万元（216-21.41）。综上所述，与原税制相比，A物流有限公司应当选择方案二作为最佳纳税筹划方案。
物流企业往往进行多种经营，不同经营方式所需要缴纳增值税的税率是不同的。例如，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”征收增值税，税率为11%；而对运输货物进行的仓储、装卸搬运等劳务则按“部分现代服务业”征收增值税，税率为6%。
根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税〔2013〕37号文件的附件2），试点纳税人兼有不同税率或者征收率的销售货物或应税劳务，应当分别核算适用不同税率或征收率货物或者应税劳务的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。因此，试点物流企业兼营不同税率的应税货物或劳务时，应尽量分别核算不同性质的收入，以规避从高适用税率纳税。
案例：C物流有限公司在2014年12月的销售额为50万元，其中，交通运输业的营业收入为35万元，现代服务业的营业收人为15万元。但是该企业由于没有分类别核算收入，根据税法规定，该企业只能按照按“交通税运输业”11%的税率征收增值税。该公司可以作以下的纳税筹划。
方案一：由于C公司收入没有分别核算，所以该企业只能按照按“交通运输业”11%的税率征收增值税。企业应纳增值税为5.5万元（50×11%），应缴纳的城建税及教育费附加为0.55万元［（5.5×（7%+3%）］。则企业共需纳税6.05万元（5.5+0.55）。
方案二：由于C公司有健全的会计核算制度，所以两类收入应分别核算，其中交通运输营业收人用11%的税率，部分现代服务业收入营业收入用6%的税率，企业应纳增值税4.75万元（35×11%+15×6%）万元。应缴纳的城建税及教育费附加为0.475万元[4.75×（7%+3%）］，则企业共需纳税5.225万元（4.75+0.475）。
经过对比发现，方案二比方案一税负减少了0.825万元（6.05-5.225），因此，应选择建议方案作为最优的选择。
总结，通过以上三个案例的分析可以看出“营改增”后，物流企业通过合理利用增值税纳税人身份，调整定价体系，分别核算不同性质的收入等手段进行链税负优化设计，可取得明显的节税效果。在新形势下，试点物流企业应当高度重视不同税制下的纳税成本，并按照即将实行的新税制对公司涉税项目进行统筹规划，达到控制纳税成本的目的。
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