印巴分治是 《蒙巴顿方案》根据 “两个民族”理论对南亚次大陆进行划分的，这一理论是穆斯林联盟奉为巴基斯坦建国的理论基础。虽然印度国大党迫于当时的形势勉强接受了分治的方案，但是印度精英阶层至今也不接受两个民族理论，同时认为，印巴分治是一个人为的错误，统一印度的分裂损害了印度悠久的文明的历史整合性[13]，对印度的大国地位造成了不可估量的负面影响。尼赫鲁当时对巴基斯坦作为一个民族国家所具有的生存力和持久力表示怀疑。尼赫鲁认为，巴基斯坦的内部问题不会让这个国家长期存在下去，“就让我们看看它到底能撑多长时间”[14]。尼赫鲁为印度早期对巴立场奠定了基础，在随后的发展中使之得到了巩固，并且尼赫鲁之后的历届印度政府领导人对此没有实质性的改变。[15]
克什米尔问题是印巴分治的遗留问题。印度和巴基斯坦都十分重视克什米尔的战略地位，无论印度还是巴基斯坦都不愿失去克什米尔。尼赫鲁认为，“没有克什米尔，印度就不会在中亚的政治舞台上占据一个重要的位置”。巴基斯坦首任总统真纳的助手利雅格特·阿里·汗认为：“克什米尔就像是巴基斯坦头上的一顶帽子。如果我们允许印度取走我们头上的这顶帽子，那就会永远受印度的摆布。”[16]
印度和巴基斯坦之间的第一次战争直接的起因就是为了争夺克什米尔。1947年印巴双方争夺克什米尔从地方武装的小规模冲突一直发展到动用正规部队进行大规模的战斗。到了1947年末和1948年初的时候，由于克什米尔大雪封山，双方才停止了第一阶段的军事行动，转入外交斗争，此时巴基斯坦在克什米尔略占优势。双方把这场官司从印度联邦总督蒙巴顿那里一直打到了联合国。在联合国的干预下，印巴双方也没有得出结果，会谈陷入了僵局。到了1948年5月印巴双方展开了第二阶段的军事行动，在这一阶段的战斗中，印度反败为胜，在克什米尔争夺中后来居上。1948年7月在联合国的斡旋下，印巴双方终于就军事停火线问题达成协议，划定的停火线是按印巴当时的实际兵力控制范围划分的。至此第一次印巴战争告一段落。通过第一次印巴战争，印度占据了克什米尔全境五分之三的地区，人口约400万；巴基斯坦只控制了五分之二的地区，人口约100万。印度取得了对巴基斯坦的优势，但未能实现将整个克什米尔囊括与印度的目的。[17]
克什米尔问题成为困扰印巴关系的死结，其深层原因是牵涉到印巴之间 “两个民族”理论的纠纷。印巴分治以后，印巴双方仍然在这个问题上争论不休，巴基斯坦极力为这一理论辩护，以此证明他们建国是有理论基础的；印度则是全力反驳这一理论，不承认巴基斯坦的立国基础。在尼赫鲁看来，按照两个民族理论建立起来的巴基斯坦是没有历史基础的，它割裂了历史文化传统，而只是求助外援和借助外部力量维持自身的生存。印巴克什米尔之争表面上是领土之争，本质是两个民族问题的延续。[18]另外，尼赫鲁本人的克什米尔情结也影响到了印度在这一问题上的判断，尼赫鲁的祖籍是克什米尔，所以这个问题多少会受到个人的故乡情绪的影响。
印度把喜马拉雅山脉诸国当作自己陆地安全体系的一个部分，在继承前英印帝国的特殊条约关系的基础上，印度还准备深化与这些国家之间的关系。尼赫鲁对喜马拉雅山脉诸国所采取的基本战略和政策立足于防范中国。1950年，尼赫鲁在印度议会中发言提到了印度对尼泊尔的态度，他说：“坦率地讲，我们不喜欢也不愿意对尼泊尔做出任何外交干涉。我们承认尼泊尔是一个独立国家，并希望它好。但即使是一个小孩都知道人们不通过印度就进不了尼泊尔的。所以，没有其他国家有我们和尼泊尔这样亲密的关系了。”[19]与喜马拉雅山脉诸国比起来，岛国斯里兰卡受到印度的控制相对较轻一些。但是仍然在外交和经济方面关系非常紧密。
总的看来，尼赫鲁的南亚外交战略是从各个方面压缩巴基斯坦的生存空间，维持并深化与喜马拉雅山脉诸国的特殊关系，与斯里兰卡保持外交和经济的紧密联系。这样确保印度在南亚的支配地位，同时要坚决地把外部国家的势力隔离在南亚地区事务以外。
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