从嘉靖二年（1523）开始，明朝对外取消了朝贡贸易，执行海禁，使得官方允许的海外贸易无法进行。明朝统治集团内部面对现实，分为对立的“严禁派”和“弛禁派”。双方各树主张，展开激烈争论，从而在内部影响着海禁政策的执行力度和走向。
嘉靖二十六年（1547）是一个转折点。这一年，朱纨巡抚浙江，掌管闽浙一带的海防军事要务，他的上台成为严禁派主导海禁政策的信号，政府要用强力驱逐倭寇、葡萄牙人。
形势变得严峻后，中葡双方在东南沿海一带必然要起争端。为什么会形成冲突，是谁惹的祸？朝廷内部的弛禁派和严禁派，对这些问题有截然对立的观点。
严禁派认为，葡萄牙人名为商人，实则海盗，名义上是进行贸易，实际上干的都是杀人越货的勾当，简直无恶不作。
弛禁派认为，葡萄牙人来到中国，就是为了贸易。他们能登陆中国内地吗？不能，有明军海防严守着。能掠中国人为奴隶吗？不能，是中国边民掠了之后，贩卖给葡萄牙。现在看来，弛禁派的说法有一定的道理。因为当时闽浙一带有些奸商在和葡萄牙人做生意的时候，有明显的恶意赖账行为。他们知道中国法律严禁外人入内，因此拿了葡萄牙人的钱后却不提供商品，让葡萄牙人在海岛上干等。上当受骗的葡萄牙人非常恼怒，干脆强行上岸进行抢劫，用这样的方式来补偿自己的损失。
由于葡萄牙人盘踞在宁波之外的双屿港，在袭击过程中，劫掠了附近一些村庄，还杀害了男女数人，这样导致浙江沿海形势迅速恶化。主张海禁的朱纨此时正兵权在握，自然不能放过惩治外夷的机会。
《明史·朱纨传》是这样描述朱纨指挥的双屿之战：
明年将进攻双屿，使副使柯乔、都指挥黎秀分驻漳、泉、福宁，遏贼奔逸，使都司卢镗将福清兵由海门进。而日本贡使周良违旧约，以六百人先期至。纨奉诏便宜处分。度不可却，乃要良自请，后不为例。录其船，延良入宁波宾馆。奸民投宿激变，纨防范密，计不得行。夏四月，镗遇贼于九山洋，俘日本国人稽天，许栋亦就擒，栋党汪直等收余众遁，镗筑塞双屿而还。
这样描述战争的经过，似乎过于简略，而且好像是和日本贡使有关，没有葡萄牙人什么事情。其实那个时候双屿岛已经是个颇具规模的市镇了。不但有从事贸易的货物集散场所，甚至还有天主教的教堂和中国人祭拜偶像的天妃宫，还有很多的住房和船只，岛上大约有三千人，其中葡萄牙人有1200名左右，不仅有葡萄牙人，还有日本人、中国商人，他们都是出于发财的梦想聚集到这里来的。
双屿之战后，明朝认为主要歼灭的是中国人和日本人，而葡萄牙人则认为，葡萄牙人被杀的居多，占三分之二，达800人。其实不管双方误差有多大，这个上千的数字，要和屯门、西草湾之战消灭几十人相比，对社会影响已经大了很多。
双屿之战后，紧接着在福建诏安又发生了走马溪之战。在走马溪之战中，葡萄牙殖民者完全成为战斗的主角。由于在双屿港，葡萄牙人还没有占到大多数，所以有些资料仍把日本人当成了主角；而在走马溪之战中，中国官方的资料则直接称呼为佛郎机国。双屿之战到底打死了多少人、取得了多大的战果，一时还搞不清楚，而到了走马溪之战时，朱纨已经有了准确的战况和战果。
对于战役的过程，大致可以分成以下几个步骤：
一开始是中国人设下埋伏，水师隐藏在突入海中的一个岬石后面。在岸上布置一些携带武器的中国人，好像要袭击船只，跟葡人打仗。因为葡船靠近陆地，用这种方式来激怒葡人，把他们引诱离船上岸进行交锋。留下来看守船只的人被中国人惹怒。他们本来应该怀疑有埋伏，却没有留意，其中一些人冲出去跟岸上的中国人交战。葡方的船没有了防卫，暴露给中国的水师，中国水师见对方中计，以迅雷不及掩耳之势进袭两艘船，杀了还在船上的葡人，占领了葡萄牙船只。岸上的葡人成了瓮中之鳖。www.guayunfan.com
朱纨自报的战果是：将夷王船两只、哨船一只、喇叭船四只围住，生擒佛郎机国王三名。共一百十二名，番贼妇哈得哩等二十九口，斩获番贼首级三十三颗，通计擒斩两百三十九颗。
双屿和走马溪之战的失利，迫使葡萄牙殖民者避祸离开了闽浙，重新回到广东，寻求和中国打交道的新途径。
和汪铉指挥的屯门之战相似，朱纨亲自部署、指挥了双屿之战和走马溪之战，但两人的人生结局却大相径庭。汪铉因军功等原因最后当上了南京兵部尚书；而朱纨却在剿灭佛郎机的过程中，得罪了闽浙的势家大族，落得个被弹劾革职、愤而自杀的结局。单从这几次中葡军事冲突来看，汪铉是率兵严惩小股的海盗，对广东地区的政治经济没有产生重大影响，可以理解为一次单纯的军事行动。而朱纨是要贯彻朝廷的海禁政策，在嘉靖中期的中外走私贸易问题上，和国内的海商、“倭寇”、葡萄牙殖民者等进行了一次全方位的对抗，在军事、政治、经济等多个层面产生了剧烈的震荡。这也从一个侧面反映出，在不到三十年的时间里，葡萄牙殖民者广泛参与东亚的海上贸易，其规模和影响力都得到迅速的发展。
葡萄牙一开始是在广东屯门设栅立寨，搞了一个小小的带有武装性质的贸易据点。二十多年后，把宁波双屿港发展成密切联系东南沿海、日本、欧洲的海上贸易中心，深深植根于资本主义崛起后的世界市场之中。
走马溪之战后，葡萄牙人不得已离开闽浙，再次转向广东。这个时候，闽浙一带的“倭寇”和明朝军队的冲突越来越激烈，而葡萄牙人却从此脱离了这个战场和市场，改用行贿的手段暗款广东官吏，最后在广东沿海立足，直到1557年成功留居澳门。
在葡萄牙远离广东的二十多年中，因为官方海禁政策的波及，广东地区的海上贸易也处于走私盛行阶段。由于官方贸易往来急速减少，造成广东地方当局海上收入锐减，因此较早看到了海禁的弊端，开始上疏请求弛禁，要求开海。
当时广东有一点和闽浙很不相同，就是广东的军政首脑中没有像朱纨这样的海禁强硬派，所以形成不了闽浙那样的纷扰局面。广东巡抚林富在嘉靖八年（1529）向皇帝上疏，请求开海通商，允许其他国的番船到达中国，可以将声名狼藉的葡萄牙摒除在外。
不过，虽然在口头上严禁葡萄牙船只夹杂在番船当中，但中外双方仍能在走私贸易中得到巨大好处。葡萄牙殖民者和广大海上商人从事贸易往来，暗地里向官员行贿，公开表示要向中国政府交税，接受抽分。从此，用经济手段打开中国大门，成为葡萄牙殖民者的首选方式。
从双屿之战到占据澳门，这是葡萄牙与中国交往第一阶段的尾声，葡萄牙占据澳门后，中葡关系开始了新的篇章。葡萄牙和中国打交道长达三十多年，从一开始的懵懂无知，到此时已经积累了丰富的经验。他们在明朝政府的海禁政策面前，早已经没了西蒙·安德拉德逞一时之勇的海盗习气。如果说屯门之战还属于葡人自己找上门来挨打，到了双屿之战，葡萄牙人在海禁政策前只好被迫应战。他们早已经放弃了武力攫取一块殖民地的妄想，几十年来奔波于广东、福建、浙江的沿海，只是希望能够得到一个固定的场所进行海上贸易。
《明史·佛郎机传》是这样解释葡萄牙如何得到澳门：
嘉靖三十二年，舶夷趋濠镜者，托言舟触风涛缝裂，水湿贡物，愿暂借地晾晒，海道副使汪柏徇贿许之。时仅篷，累数十间。后工商牟奸利者，始渐运砖瓦木石为屋，若聚落然。自是诸澳俱废，濠镜为舶薮矣。
虽然这条史料早已被证明有多处错误，但仍大体反映出中国与外国、官方与民间在海禁中的利益冲突，反映出广东地方政府在接纳葡萄牙时的矛盾态度和葡萄牙殖民者源源不断万里逐利的盛况。
综上所述，葡萄牙在成为新时期的海上大国后，第一次来到东亚，企图开进中国的庞大市场，由此引发了外交失败和一系列海上武装冲突。在这种军事压力下，明廷长期奉行的朝贡外交制度和海禁政策，遇到了前所未有的挑战。葡萄牙为了进入中国，获得丰厚的海上贸易利润，除正常贸易外，不惜以走私、行贿甚至暴力为手段，不断地冲击着明朝的政治统治和社会稳定。屯门之战，正是西方资本主义列强对华武装冲突的起点。历史不应该忘记这个起点。
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