这种串联亲和纯化方法尤其适用于蛋白复合体纯化和鉴定相互作用蛋白。使TAP融合蛋白在生理条件下处于自然表达水平，可以在事先不知道复合体组成、活性和功能的情况下，利用相对少量的细胞快速纯化出蛋白复合体，然后结合质谱技术，可以鉴定出与目的蛋白相互作用的未知蛋白。而且，纯化出的蛋白复合体组分保留体内活性，可以用于体外生物学功能实验。
串联亲和纯化技术和其他蛋白纯化或蛋白-蛋白相互作用技术一样有很多相似之处，但仍有其自身的优势：纯化条件接近生理环境，可以获得活性组分；背景污染低，比单独用ProtA或者CBP做一步亲和纯化能得到更纯的蛋白复合体组分，典型的纯化结果如图9-13所示。
串联亲和纯化所得的复合体产物可以用于多种后续分析和功能实验，包括体外活性检测、复合体电镜结构解析、免疫印迹检测待检蛋白等。分析相互作用蛋白时，质谱是非常适合的方法。通常，我们可以通过一维变性蛋白凝胶电泳分离蛋白组分，然后将凝胶用考马斯亮蓝或者硝酸银染色，接着切取目的条带即可以用于质谱鉴定了。质谱分析前的这一步蛋白分离的好处在于可以初步估计复合体的蛋白总量、蛋白的数目、相对的化学水平。当然，某些蛋白可能会在这一步丢失，直接将纯化产物直接用于液相质谱检测会更敏感。
为了控制纯化蛋白的特异性，阴性对照还是必要的，一般用不表达TAP标签蛋白的同种细胞采取同样方法纯化即可。SDS-PAGE之后和阴性对照相同的条带即认为是非特异蛋白，一般也不需再用于质谱鉴定。这类非特异性蛋白多为表达量较大的热休克蛋白及其类似物、丙酮酸激酶、翻译延伸因子1α等。有些时候，应该用其他方法验证TAP方法纯化出的相互作用蛋白，比如免疫共沉淀。如果没有抗体，可以分别用ProtA和CBP标签检测它们的共沉淀，具体方法是构建相应载体，使目的蛋白带CBP标签，潜在的相互作用蛋白带ProtA标签，在细胞内共表达这两个融合蛋白，细胞裂解后，在钙离子浓度合适的环境下让细胞裂解物与钙调蛋白包被的珠子孵育，用同前的方法纯化。最终，细胞裂解物、结合后流出的上清、纯化（洗脱）蛋白变性用于蛋白电泳，然后用免疫印记的方法检测（IgG检测ProtA融合蛋白）。
图9-13 TAP纯化复合体组分
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